他在大慈恩寺接管了师父最澄和尚一心想要学会的密教典礼：传法灌顶。接管过灌顶的圆仁表情开畅，登上大慈恩寺驰名的大雁塔，槐树与杨树高大枝干间佛塔金顶熠熠发光。他在大慈恩寺以及其他闻名的寺院汇集誊写到几千卷最新翻译的经文，临摹了无数贵重的壁画与曼荼罗。
会昌五年（845年）蒲月，圆仁担忧已久的敕令下发：要求本国和尚出家。不顺从出家敕令的，当即决杀。为了分开长安，圆仁同意出家。一贯对僧尼梵刹非常照顾的左神策军押衙李元佐暗中帮圆仁搞到一张分开长安的通关文牒。蒲月十四日，圆仁将要分开这座他糊口了五年的都会。头发已经长出了一些，他戴上一顶毡帽，穿戴布衣的褐衫，这让他看上去就像是一个浅显的搭客。
为了扫清将来的政敌，仇士良在混乱里杀掉了支撑太子与安王的政敌、文宗期直靠近天子的旧臣，他们的妻儿、主子，一夜间四千人从长安城里消逝。这些都成了丰邑坊的停业。西肆和东肆这两间向来合作狠恶的凶肆乃至没法包办停业，来往租借运送棺椁明器的车舆（yú）、翣（shà）扇、结络、彩帛的各色人等摩肩接踵，长安城里政局翻覆，稳定的是丰邑坊的停业一向红火。
欲为圣明除弊事，肯将衰朽惜残年。
——《左迁至蓝关示侄孙湘》
知汝远来应成心，好收吾骨瘴江边。
但祖宗留给他的家业是一个烂摊子：窜改全部李唐王朝运气的安史之乱的停歇并不来源于中心当局赛过性的军事胜利。相反，朝廷对于河北地区几次的兵变焦头烂额，为了让叛军投降，玄宗的儿孙肃宗与代宗一边以高贵的代价要求回纥出兵，一边大力地封赏情愿投降的叛军。很多安禄山与史思明的部下与亲戚是以口头投降，改换名头，在河北划地为王。今后，河北的河朔三镇（魏博、成德、幽州）就成了中心当局胸口拔不动的一把匕首。
圆仁第一次领遭到唐帝国浮沉宦海三十年的资深政客的老道。他常常问起公验的事情，李德裕便回道，已经陈述过了，请他们少安毋躁。事情拖得久了，更像是那里出了谁也不晓得的不对。
但是，在限定佛教，特别是限定皇家持续援助梵刹与僧团的扩大这点上，韩愈说到了武宗天子的内心：统统不是源出中国的宗教，都应当不准。而这个冠冕堂皇的来由，正能够成为从寺院里取出钱来的最好冲破口。
功德巡院一定会批准他的要求：为了留在唐土，圆仁曾经有过一段时候的无证不法观光。在搞到观光所需的公验之前，他在大唐的观光要求，已经被回绝过很多次了。
三
仍然滞留长安城的圆仁成了一个囚徒：他现在不能返国，也不能出资圣寺。形同囚禁的平常并不能禁止他时候存眷着长安城里瞬息万变的风向，作为一个无权无势的本国和尚，他以记下官方遍及传播的“都会传说”，来表达对天子的不满：会昌四年（844年）八月，唐宪宗皇后郭太后莫名归天。这位老太太在圆仁眼里信佛法，有道心。每当天子要对僧尼动手都会力谏。长安城里传播着一条关于郭太后死因的小道动静，圆仁坚信不疑地记了下来：文宗的生母、穆宗的皇后萧氏仙颜，武宗继位以后觊觎这位庶母的仙颜，想要纳她为妃。郭太后不准。因而武宗拿起不知从那里呈现的弓，一箭射杀郭太后。
只能无功而返。跟着遣唐使一道返国的圆仁在回程的路途连连遭受电闪雷鸣、暴风暴雨，受损的船体停在赤山县补缀。圆仁与他的门徒们下船去拜访山中的法华院。不出不测，这就是他在中国长久观光的最后一站。圆仁观光过扬州龙兴寺，里头有一张鉴真和尚的画像。作为日本露台宗的开山祖师，鉴真六次东渡的故事圆仁早就熟知在心。他或许也晓得，两百多年前，玄奘法师因为没有“过所”，混在人群里偷偷分开唐都长安的故事。