但是，吕布却今后心胸私恨，固然貂蝉已经嫁给了魏延，但是生性风骚的吕布又与董卓的婢女私通，心中非常不安。王允把诛杀董卓的打算奉告吕布，并要求他充当内应。开初，吕布分歧意，他说：“何如（我和他）如同父子一样！”王允开导说：“你姓吕，他姓董，又不是骨肉亲情。何况董卓现在是大家得而诛之的民贼，你莫非还认他作父亲吗？他向你掷刀戟的时候，把你当儿子对待吗？”不过这吕布也是生性凉薄之人，在此前更是有杀死本身寄父丁原丁建阳的前科，此时在王允的催促下，吕布终究就是顺阶而下的承诺了。
吕布仓猝领兵出逃时，在青锁门愣住，号召王允一同逃脱。王允决然回绝，对吕布说：“如果天子先人在天有灵，能赐福社稷，保佑我们的国度安然无事，我就心对劲足了。如果这一愿不能实现，我情愿献出本身的生命，以死来报效朝廷。皇上年纪幼小，少不更事，只能靠我们来帮助他。国度蒙受如此灾害，如果弃下皇上，只顾本身逃命，我实在是不忍心。何况，我身为宰相，不但不能使国度安然无事，反而导致逆贼的背叛，我的任务严峻啊！请你出城今后，多多鼓励关东豪杰，要常常念及皇上！”说完，便扶着献帝逃到宣平城楼。
在董卓被杀，朝廷高低一片欢娱。董卓祸国殃民的行动，激起了天下人们的极度悔恨，肃除董卓，不但适应期间潮流，并且符合全百姓气。它的意义不但仅只在于行刺董卓一名国奸臣，并且还深切影响着东汉末年的汗青过程。司徒王允，用本身对朝廷的热诚和一身正气博得了肃除董卓斗争的胜利和世人的奖饰。董卓被杀后，王允“录尚书事，总朝政，遣使张种安抚山东”。
凉州百姓听到王允想闭幕凉州兵的风声后，便到处传言，说王允要杀掉统统凉州人，一时之间，全部凉州民气惶惑，一片惶恐。凉州兵将领本来就成了惊弓之鸟，对本身的前程深感忧愁，当他们得知王允要削夺他们的军权，闭幕凉州兵的动静后，更是惶恐。
而征讨董卓的斗争并没因为以袁绍为总盟主的关东联军撤退的停止，更是在关东诸侯在中原之地大打脱手的时候，长安城中针对董卓的刺杀也是层出不穷。
士孙瑞意在提示王允可借天时天时人和之机撤除董卓。王允同意士孙瑞的定见，但是考虑到董卓平时防备森严，并且他本人武力过人，如果不采纳周到办法，恐怕不易到手。因而，王允便物色了董卓的亲信吕布作内应。
王允传闻后，派董卓旧部将领胡轸、徐荣在新丰迎击李傕、郭汜。成果徐荣战死，胡轸率部投降。李傕与樊稠、李蒙等围攻长安城，因城防坚毅攻而不克。后由城内叛变兵士指导凉州军入城，与守将吕布展开巷战，吕布兵败，仅率百余骑出逃。李傕等纵兵掳掠，吏民死者万余人，尸积满道。太常种佛、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀等被杀。
董卓回到长安后，威福更盛，盗用天子车服，并命尚书以下众官有子皆至其相府禀报。又以其弟董文为左将军，从子董璜为侍中、中军校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中婴儿皆得封，男皆封侯，女为邑君。于长安筑郿坞（今陕西眉县东北），高、厚各七丈，此中积谷可用三十年。董卓又残暴好杀，诸将稍有言语差失，当即正法，又以背叛之名，大杀关中旧族。其倒行逆施引发朝臣激烈不满。
作为诛杀民贼的首要功臣，王允天然少不了朝廷的嘉赏和泛博群众的奖饰。因而，王允态度开端产生窜改，仿佛有些飘飘然起来：“连董卓如许不成一世的大奸贼都死于我的部下，我另有甚么可惊骇的呢？”他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，乃至居功自大。“及在际会，每乏温润之色，杖正慎重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。”每当群臣集会，王允很少像之前那样和大师推心置腹，共同参议权宜之计，而是正襟端坐，面无和悦之色。渐渐地，群臣也不再像之前那样推许和拥戴他了。