夏允彝守关三日，便被清军攻破，他被败兵护着撤下关墙，心中悲切，知杭州亦不成守，时清兵又破关追杀而至，随投入水中淹死。
这时清军大肆侵入浙省，不日便至杭州的动静，已经跟着夏允彝的奏报，传遍杭州，潞王顿时大惊，马士英亦是吓得口不能言。
左懋第、黄道周等人才知潞王欲献城降清，心中非常绝望，随仓猝出了南门，正遇乘舟而逃的唐王殿下，随一同往南面而逃。
南京毁灭仅仅一月后，杭州再次颠覆，无数南渡士人，还未反应之间，便已经落入清军之手。
夏允彝同陈子龙被马士英借端安排到独松关、四安镇等处驻守，出杭州时，兵不满千，银不满万，现在还未有一月，新兵募集不过数百人，如何能挡二十五万清兵。
杭州城外，多铎七万雄师，无信心拿下杭州，正进退两难之际，马士英说动潞王乞降，便正中下怀。
华公死前，亦留绝命诗一首，云：“视死如归不成招，孤魂今后赴先朝。数茎白发应难没，一片赤忱岂易消！世杰有灵依海岸，天祥无计挽江潮。江山漠漠长留恨，唯有群鸥伴寥寂。”人共传之。
几近是王彦被困在南京之时，阿济格亦获得马士英，阮大铖驱王彦雄师出余杭的动静，他随立马尽起安庆之军，以左部十五万雄师为前驱，亲领真满州之军，以及吴三桂等汉军十万人马于后，度太长江，直扑杭州。
西路阿济格，三四月间屡破大顺军，于蒲月间得李自成被杀之讯息，随觉流贼以平，起兵东下逼降左梦庚十五雄师，便一向于安庆休整。
吏部验封司员外郎华永诚，愤然曰：“内无李、赵，外无韩、岳，独一能战者王士衡，还被逼出浙，今欲为建炎、绍兴，亦不得矣！”
顿时英本非救时之才，只因风云突变，才幸运获得高位，却在入阁一年多以来，导致南京、杭州两朝廷颠覆，令先人长叹。
多铎在杭州城外，得见潞王乞降使者张秉贞后，心中随生一策，曰“瞒天过海，暗度陈仓也。”
清军二十五万雄师，过池州，颠末宁国府，直奔浙省而来，而朝廷却因为割让南直隶诸府，已令官员退到杭州，以是清兵一起，未遇抵当，直道前军进达天目山时，保卫独松关的夏允彝才得知动静，他顿时便大惊失容。
清军势大，杭州不成守，很多官员再次南奔，阮大铖，朱大典亦从富阳乘周遁往婺州。
马士英不想局势至此，心中懊悔无以复加，随挥袖而涕，却不慎坠入水中，后被方部士卒捞起，带入方国安虎帐。
清兵入城，将公锁拿，面见阿济格，公立而不跪，阿济格大怒，以脚踢其膝，公倒而又复立，阿济格随怒拔公发，直至拔尽，公自始痛骂不止，后被斩杀。
陈子龙在得知独松关沦陷后，又同吴日生引兵援杭，但却因兵微将寡，被清军所败，两千明军只剩八百余人，最后只得退入太湖占避清军追杀。
八月五日，阿济格雄师进抵塘西，马士英见二十五万清军，连绵不断，心中惊骇，随筹办乘船出逃，却正遇方国安部下士卒前来所饷，把他从船上拖走。
现在清庭兵威之盛，强于大明多矣。
独松关一破，浙省流派大开，陈子龙守四安镇，本是防备南京清兵，却不想阿济格自西面而来。
多铎为了让明庭信赖其媾和诚意，仓促自杭州撤退，而后又自南京，起兵北返，但他回南京以后，却奥妙写动手札，令亲信送往安庆英亲王阿济格处，言：“若王士衡雄师出浙，则浙省再无大兵，可阻大清兵锋，王兄当速起大兵，马踏余杭，一战而定江南也！”
朝廷高低一片混乱，阮大铖等飞马传信各处，从速起兵勤王，但不管是张国维，还是扬廷麟、李永茂都因为受媾和影响，募兵之事受阻，很多义兵见朝廷已然媾和，纷繁回家务农，使得诸臣底子无军可援。