那位先生（Boss，あの方）
基安蒂（Chianti，キアンティ）
雪莉（Sherry，シェリー；已离开构造）
苏格兰威士忌Scotch，日本公安差人的卧底
黑衣构造培养的杀手，但因达不到预期要求，而被送到宫野志保处作为药物尝试工具。在尝试前逃窜，后制造了连环杀人案，被捕。
卧底
黑衣构造基层成员，为了寻觅失落的基尔而奉构造之命装病住进杯户中心病院停止奥妙调查的眼线。被FBI发明而驾车流亡，发觉追踪者是赤井秀一后举枪他杀。赤井秀一后将其尸身用于假死打算。
宫野明美（灭亡）
苏格兰威士忌（Scotch，スコッチ；灭亡）
皮斯克Pisco，即枡山宪三
已灭亡
沼渊己一郎（被捕）
黑衣构造首要成员。本名宫野志保。构造中的科学家，药物APTX4869的制造者。据琴酒所言是“在构造里算是少数脑筋顶尖的人”。但在构造殛毙她的姐姐宫野明美后以停止研发以示抗议，被构造囚禁时服下APTX4869他杀，却身材规复幼年并逃出构造。化名灰原哀，阿笠博士将之收留。
黑麦威士忌（Rye，ライ；已离开构造）
卡尔瓦多斯（Calvados，カルバドス；灭亡）
黑麦威士忌Rye，即诸星大/赤井秀一，FBI的卧底
黑衣构造的基层成员，宫野志保的姐姐，赤井秀一的女友。因父母都是构造成员而被迫插手构造。为了本身和mm能够离开构造，化名广田雅美，完成了构造交给的掳掠十亿日元的任务，后被琴酒殛毙。
基安蒂Chianti，科恩Korn
黑衣构造中的偷袭手，与科恩火伴，有效射程为600码摆布，气力微弱。左眼有凤尾蝶图案纹身并且常画很重的眼影。脾气激进，悔恨对卡尔瓦多斯见死不救的贝尔摩德。
黑衣构造的二号人物，Boss的亲信。性别不明，表面有多种传闻。[7][8]在变乱中某只眼睛受伤，以是装的是义眼。
CIA派入构造的卧底，本名本堂瑛海，化名水无怜奈。伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。大要身份为日卖电视台主持人（重回构造后已辞职）。在于一次暗害政要的行动中遭受车祸，被FBI当作真正构造成员擒获，一向在病院昏倒。复苏后FBI才得知其身份，将她送回构造持续完成任务。
日本公安差人派入构造的卧底，本名降谷零，化名安室透。人称“奥秘主义者”。曾在小时候与宫野艾莲娜有过打仗。大要职业为私家侦察，并在波洛咖啡厅打工，拜毛利小五郎为师。对柯南的身份产生了兴趣。与赤井秀一相互恶感，曾假装成伤疤赤井来摸索FBI，后推断出赤井未死及赤井假扮为冲矢昴活动。
波本（Bourbon，バーボン）
黑衣构造中的偷袭手。持各种兵器，最喜好用霰弹枪。因沉沦贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一击伤，在被带走调查前他杀身亡。
伏特加（Vodka，ウォッカ）
CIA派入构造的卧底，本堂瑛海（水无怜奈）与本堂瑛祐的父亲。第二代日裔美国人，30年前插手CIA成为谍报员。不太爱说话，利用多个化名。曾潜入构造卧底调查。4年前为了庇护女儿水无怜奈的卧底身份不透露而他杀身亡，并形成“鞠问水无却反被她所杀”的假象，使水无躲过构造思疑并获得Boss的看重。
沼渊己一郎被捕，
龙舌兰（Tequila，テキーラ；灭亡）
皮斯克（Pisco，ピスコ；灭亡）