年（万历四十六年）岁三哥孙敬宗病逝，告假回籍治丧，后帮手县令杜应芳管理高ya水患。十一月，原配王夫人去世。努尔哈赤以“七大恨”告天，起兵反明，霸占抚顺。明起用杨镐经略辽东。
4年（崇祯七年）岁将《督师纪略》、《后督师纪略》编次，付梓。马世龙死，撰诗文乃至哀。为鹿善继《当真草》撰序。
年（万历二十四年）4岁父亲孙麒去世。
起首大力清算了关门防务。“是时，关上兵名七万，顾无规律，冒饷多。承宗大阅，汰逃将数百人，遣还河南、真定疲兵万余。”“乃定兵制，立营房，五人一房，三千一营，十五营为三部，而将帅以营部为署。兵不离将，将不离帅，教肄分而考核便。”颠末清算，使“兵将一清”，进步了关门守军的战役力。
崇祯九年，金兵又从西线入关，退休在故乡江村讲学的鹿善继入定兴县城御敌，城破捐躯。孙承宗前去哭灵，祭奠忠魂。
年（万历二十一年）岁被选入京师国子监就学。
孙承宗再任辽东经略后，仍对峙以主动防备为主的目标，持续加强宁锦防地，决计重筑被高第毁弃的大凌河、右屯二城。崇祯四年（年）七月，令祖大寿等率兵四千守大凌河，又征发一万四千人筑城。月六rì，完工筑城才二十天摆布，大凌河城墙方才修完，雉堞仅修完一半，后金俄然兵归城下，并于当天开端围城，明军仓促闭门拒战。“承宗闻，驰赴锦州，遣吴襄、宗伟往救”。但宁远巡抚邱禾嘉“屡易师期，伟与襄又不相能，遂大败于长山”。至十月，大凌河已被围三月，守军粮尽援绝，祖大寿假降奔还锦州，“城复被毁”。大凌河失守，引发了明廷内部的相互排挤，“延臣追咎筑城非策，文章论禾嘉及承宗”。孙承宗连疏引疾，求退。
年（万历元年）岁从三哥孙敬宗学习易经。今后五经、诸史皆孙敬宗亲授。
年（天启二年）岁正月，广宁沦陷，经略熊廷弼与巡抚王化贞溃入山海关。关外辽土或为后金攻取，或为蒙古诸部所占。仲春，任命孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士。在中枢三个月，朝风为之一振。朝廷任命王在晋为辽东经略。贵州水西土族首级安邦彦叛，包抄贵阳。承宗安插平剿。三月，命大学士叶向高、孙承宗、尚书汪应蛟、王纪、都御史邹元标、侍郎钱象坤、张经世、左通政袁可立等充读卷官廷试天下贡士，黄道周、倪元璐、王铎等成进士。四月，在孙承宗的保举下，天启帝以“弹压登莱非公（袁可立）不成”，任命袁可立为登莱巡抚，节制两镇兵马。六月，承宗带领鹿善继、宋献亲赴山海关阅视，否定王在晋筑里铺重关之议，回京后自清赴山海关督师。月，受命以原官督理关城及蓟、辽、天津、登莱等处军务。玄月，达到山海关，招兵选将，清算关门防务。以江应诏为大帅，以袁崇焕督建营房、加筑长城。同时订定兵制、安设灾黎、构造屯垦，关防渐有次第。十仲春，承宗改以马世龙为平辽大将军，统领关表里各军。
明天启二年（年）孙承宗升任为礼部右侍郎。后因明朝丧失广宁，辽东经略王在晋离职，天启帝以孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士。他上任后，上疏条陈当时军事体制与作战批示上的弊端，追求鼎新，首要内容有：()“兵多不练，饷多不核”。这是说当时军队练习差，后勤供应混乱。()“以将用兵，而以文官招练；以将临阵，而以文官指发；以武略边，并且增置文官于幕府”。指出当时“以文制武”批示战略的失误。()“以边任经、抚，而rì问战守于朝”，指出“将从中御”的不当。是以，他主张“今天下当重将权。择一沉雄有主略者，授之节钺，得自辟置偏裨以下，勿使文吏用小见沾沾陵其上”。