洪武二年，朱元璋建立官学轨制，洪武三年，朱元璋重开科举测验。
又三个月以后，常遇春领兵占据池州。池州之捷恰是导致朱元璋与陈友谅大战的开端。
1362年5月，徐达收回南昌。与此同时，常遇春修复安庆城垣，安庆重新归置于明军节制之下，并且能够庇护明军的心脏位置――南京。
1362年2月，朱元璋主力军队开进南昌，他实际上接掌了陈友谅在江西的政治职位，也顺利接过了这里的主宰大权。
浙江的烽火渐歇，江西的环境却日愈演愈烈，朱元璋带着雄师队回到南京以后，他只给守在南昌的邓俞留了少量兵力，他也曾经让胡美的两位部下去长江上游援助徐达。
南京一仗以后，陈友谅因他的失利和给军队带来的丧失，他在江西的职位产生了摆荡。
期间常遇春曾经试图突袭杭州，但未胜利。同一期间，方国珍和他的舰队持续节制浙江的东部海岸。
洪武三年，朱元璋决计规复传统的开科取士轨制，为他的帝国打劫有效的人才。
陈友谅在九江摆设本身的水军迎战，在朱元璋飞行的途中，明军从两侧包抄汉军战线，陈友谅丧失了一百多艘大小战船，但他本身避过朱元璋的耳目，溯江而上去了武昌。
陈友谅打算来一次偷袭，朱元璋则令常遇春停止在他杭州夸耀武力的活动，又令徐达前去池州，与常遇春汇合。明军两位将领结合伏击了偷袭者，活捉三千俘虏，并且常遇春杀掉了大部分人，还派了几个俘虏归去给陈友谅报信。
但在朱元璋分开南昌以后，他才恍然警悟胡美的这两个部下祝宗和康泰一向反对胡美投降，等明军雄师队分开南昌城，祝宗和康泰就突袭了南昌，他们用炮火轰掉城门，并洗劫了南昌城池，守将邓俞被迫逃离南昌。
洪武五年，因徐达败北，朱元璋的大志在这场惨败的战役中遭到按捺，他放弃了他曾经试图争夺全部外蒙古地区的雄图霸业与弘远构思。
朱元璋决计迎战，他要诱陈友谅登陆，并引陈友谅去指定地点，打伏击战。等陈友谅的海军到了大胜关，这里港汊太窄，大船不能停靠，他又怕赶上埋伏，因而命令向长江返航。
1362年3月3日，守在金华的苗军开端骚动，他们杀了明军将领胡大海。四天以后，处州的苗军也开端效仿，他们杀了城戍守将耿再成。
洪武三年科举以后，科考轨制又停止了十余年，在这一段时候内，明朝接收文官的首要路子是由当局中已经任职的官员加以保举。但通过保举的职员人数太少，根基没法供应明帝国对于文官职员的需求，因而朱元璋又规复了科举。
1360年，陈友谅以他的权力所系王牌本地水军作为筹马拿出来打击南京，他诡计以他的强大的内河舰队一举摧毁朱元璋的权势，但陈友谅的打击稍嫌莽撞，他在南都城中了埋伏。
接着是明军步队中的浙江兵变，因为朱元璋对南昌环境的一时忽视，陈友谅获得时候来停止重新武装，他预备接着打击摇摇欲坠的明政权。
按照洪武天子的唆使，洪武三年八月，明帝国停止了洪武朝的第一次科举，同时也是全部大明王朝的第一次科举测验。但这一次开科取士选出来的新科进士们朱元璋以为他们都太墨客气，因而洪武天子又命令停止了科举测验。
明军一面要制止张士诚，一面要看住陈友谅，同时还要拿下江西，这一行动战线太长，非常伤害。
1361年，朱元璋向长江上游进军，他将陈友谅赶出九江。但朱元璋在还没完整占据江西的时候就分开了南昌，南昌产生兵变，朱元璋只能调回武昌的军队来弹压南昌的兵变。