而这时随王在晋出关的幕僚袁崇焕则直接向首辅方从哲上书，以为王在晋的筑城战略有题目，应当在宁远筑城，在奏折中他放出豪言：“给我兵马赋税，一人独守此！”方从哲将两人奏折呈上，请天子决计。
这时，孙承宗出列，表示情愿去辽东亲身观察，看谁的计划更合适实际。朱由校本来已经决定要用王在晋的计划，但既然孙阁成本身要去，当然不好打击他的主动性。
至于过后的措置，三人倒都以为应当改土归流，只是详细作法有些分歧。朱燮元和秦良玉以为应当以安抚为主，保存土司的部分权力然后设置流官。而鲁钦则以为应当将参与兵变的土司全数杀死，然后设置流官，如许才气长治久安。
两年多时候花了这么多钱，而据徐光启所说，朝廷本年的财务支出还不到五百万两。