辛卯，洪承畴败贼于汉中。癸巳，李自成陷宁羌。冬十月丙申，自成自七盘关入西川。壬寅，陷昭化、剑州、梓潼，分兵趋潼川、江油、绵州，总兵官侯良柱战死，遂陷彰明、盐亭诸县。庚戌，逼CD。十一月庚辰，以星变修省，求直言。
壬寅，许显纯伏法。壬子，来宗道、杨景辰致仕。秋七月癸酉，召对廷臣及袁崇焕于平台。壬午，浙江风雨，海溢，漂没数万人。癸未，海寇郑芝龙降。甲申，宁远兵变，巡抚都御史毕自肃他杀。八月乙未，诏非盛暑祁寒，日御文华殿与辅臣议政。玄月丁卯，京师地动。冬十月戊戌，刘鸿训罢，寻遣戍。十一月癸未，祀天于南郊。十仲春丙申，韩爌复入阁。是年，革广宁及蓟镇塞外诸部赏。诸部饥，告籴，不准。陕西饥民苦加派，流贼大起，分掠鄜州、延安。
丙申，李自成陷归德。是春，江北贼陷含山、和州，南京戒严。夏四月癸亥，李自成复围开封。乙丑，削谢升籍。蒲月己巳，孙传庭入关，诛贺人龙。甲戌，张献忠陷庐州。丁亥，王朴弃市。六月戊申，贺逢圣致仕。癸丑，张四知致仕。甲寅，诏天下停刑三年。己未，詹事蒋德璟、黄景昉，戎政侍郎吴甡，俱礼部尚书兼东阁大学士，预机务。庚申，诏孙传庭出关。兵部侍郎侯恂督左良玉军援开封。
辛卯，大清兵北归，战于螺山，总兵官张落第、和应荐败没，八镇兵皆溃。是月，刘超平。蒲月癸巳朔，张献忠陷汉阳。壬寅，周延儒还京师。丙午，修撰魏藻德为少詹事兼东阁大学士，预机务。戊申，吴甡罢。丁巳，周延儒罢。壬戌，张献忠陷武昌，沈楚王华奎于江，在籍大学士贺逢圣等死之。六月癸亥，诏免直省残破州县三饷及统统常赋二年。己卯，逮范志完下狱。丙戌，雷震奉先殿兽吻，敕修省。秋七月丁酉，亲鞫范志完于中左门。乙卯，亲鞫前文选郎中吴昌时于中左门，征周延儒听勘。己未，戒廷臣私谒阁臣。京师自仲春至因而月大疫，诏释轻犯，发帑疗治，瘗五城暴骸。八月壬戌朔，左良玉复武昌、汉阳。丙寅，张献忠陷岳州。丙戌，陷长沙。庚寅，陷衡州。玄月丙申，张献忠陷宝庆。己亥，黄景昉致仕。辛丑，孙传庭复宝丰，进次郏县，李自成迎战，击败之。庚戌，张献忠陷永州，巡按御史刘熙祚死之。辛亥，赐杨廷鉴等进士落第、出身有差。壬子，孙传庭兵以乏食引退，贼追及之，还战大败，传庭以余众退保潼关。是月，凤阳地屡震。冬十月辛酉朔，享太庙。丙寅，李自成陷潼关，督师尚书孙传庭死之。
十二年春正月己未朔，以时势多艰，却廷臣贺。庚申，大清兵入济南，德王由枢被执，布政使张秉文等死之。戊辰，刘宇亮、孙传庭会师十八万于晋州，不敢进。丁丑，改洪承畴总督蓟、辽，孙传庭总督保定、山东、河北。仲春乙未，刘宇亮罢。大清兵北归。三月丙寅，出青山口。凡深切二千里，阅蒲月，下畿内、山东七十余城。丙子，加上孝纯皇太后谥，诏天下。夏四月戊申，程国祥致仕。
五年春正月辛丑，孔有德陷登州，游击陈良谟战死，总兵官张可大死之。巡抚都御史孙元化、副使宋光兰等被执，寻纵还。辛亥，孔有德陷黄县。丙寅，总兵官杨御蕃、王洪率师讨孔有德，败绩于新城镇。仲春己巳朔，孔有德围莱州，巡抚都御史徐从治恪守。辛巳，孔有德陷平度。三月壬寅，兵部侍郎刘宇烈督理山东军务，讨孔有德。夏四月甲戌，刘宇烈败绩于沙河。癸未，徐从治诽谤卒。
十四年春正月辛巳，祈谷于南郊。己丑，总兵官猛如虎追张献忠及于开县之黄陵城，败绩，参将刘士杰等战死，贼遂东下。丙申，李自成陷河南，福王常洵遇害，前兵部尚书吕维祺等死之。仲春己酉，诏以时势多艰，灾异叠见，痛自刻责，停今岁行刑，诸犯俱减等论。庚戌，张献忠陷襄阳，襄王翊铭、贵阳王常法并遇害，副使张克俭等死之。戊午，李自成攻开封，周王恭枵、巡按御史高名衡拒却之。乙丑，张献忠陷光州。己巳，召阁臣、九卿、科道于乾清宫左室。命驸马都尉冉兴让等赍帑金振恤河南被难宗室。三月丙子朔，杨嗣昌自四川还，至荆州卒。乙酉，祷雨。丙申，洪承畴会八镇兵于宁远。丁酉，逮郑崇俭下狱，寻弃市。夏四月壬子，大清兵攻锦州，祖大寿把守。己未，总督三边侍郎丁启睿为兵部尚书，督师讨贼。蒲月庚辰，范复粹致仕。释傅宗龙于狱，命为兵部侍郎，总督陕西三边军务，讨李自成。戊子，祀地于北郊。六月，两畿、山东、河南、浙江、湖广旱蝗，山东寇起。秋七月己卯，李自成攻邓州，杨文岳、总兵官虎大威击败之。壬寅，洪承畴援锦州，驻师松山。是月，临清运河涸。京师大疫。八月乙巳，援兵战于松山，阳和总兵官杨国柱败没。辛亥，赐薛国观死。辛酉，重修太学成，释奠于先师孔子。甲子，总兵官吴三桂、王朴自松山遁，诸军夜溃。是月，左良玉大败张献忠于信阳。玄月丁丑，傅宗龙帅师次新蔡，与总督保定侍郎杨文岳军会。己卯，遇贼，贺人龙师溃，宗龙被围，文岳走陈州。甲申，周延儒、贺逢圣复入阁。辛卯，封皇子慈炯为定王。壬辰，傅宗龙溃围出，趋项城，被执死之。贼屠项城及商水、扶沟。戊戌，李自成、罗汝才陷叶县，守将刘国能死之。