金元期间编辑
广惠司“掌修制御用回回药物及和剂以疗诸宿卫士”。内设卿四人，为正三品，少卿二人、二人、经历一人、知事一人、照磨一人。司下设多数及上都回回药物院各一所，并由达鲁花赤一人、大使一人、副使一人卖力，专门掌管回回药物事。
明朝也设有太病院，其长官初始称作太病院令，后改称院使。明朝在北京和南京各设一个太病院，但是北京设置的太病院是最高医药办理构造，设有最高医政长官院使，下设院判。而南京太病院只设院判不设院使，以燕从命于北京太病院的带领。清朝只设一个太病院，院使正五品，统辖医药行政及医疗大权，清初，御药房也划归太病院办理，天下医官同一由太病院差派、考核、起落，从而加强了同一带领。但这类体制未能对峙下去，礼部管生药库，总管寺人管御药房，减弱了太病院的服从。清朝中晚期，医政办理较为混乱。总之，从金至清，太病院作为天下性医政兼医疗的中枢机构持续了七百多年。
元朝太病院，秩正二品。开端时长官为宣差，后改成尚医监、太病院提点等。其行政附属于宣徽院，最高长官之下设院使、副使、判官等项目。元朝太病院掌管统统医药事件，官员品秩遍及高于任何朝代。
行御药局“掌行箧药饵”。内设达鲁花赤一人、大使二人、副使三人。
太病院署址的变迁之清朝
太病院署址的变迁之明朝
机构及品服
王惟德，别名王唯一，是宋朝闻名针灸学家，曾任翰林医官、殿中省尚药奉御。天圣初年，受命编修针灸册本，他对古医书中有关针灸的记录和针灸图式详加订正，并对历代医家的针灸实际停止体系总结，于天圣四年(1026年)编成《铜人睮穴针灸图经》三卷。天圣七丰(1029年)由当局颁行天下，作为学习针灸及临证取穴的标准。他还设想并主持锻造明堂针灸铜人两具。铜人的躯体、脏腑可分可合，体表用金字标有针灸穴位称呼，穴孔处涂以黄蜡，内里是空的，可注水。如果按针灸分寸精确进针，内里的水，便可自孔穴流出，不然不能刺入。它是当时作为针灸讲授和测验大夫用的。
明清期间编辑
清朝的太病院，轨制大抵以下：
机构及品服
太病院下辖八个机构：
官医提举司办理有关医户及差役有关诉官司宜。共设四所，别离位于多数、保定、彰德、东划一四路。各所均设有提举一人，同提举一人、副提举二人。在天下十路也各设一所。
元朝统治者对医学办理相称正视，医学轨制较周到，机构扩大，并大幅度进步医官品阶及职位。太病院之品级进步到正二品，内有院使、同知、金院、同金、院判、经历、都事、照磨等，官阶正二品至正八品，另设令史、译史、知印、通史、宣使等职。
明、清期间正阳门(俗称前门)内的东交民巷(原名东江米巷)一带，曾是很多衙署的地点地。在这老百姓望而生畏的处所，有一个非常特别的机构，那就是为皇家治病的太病院。
太病院的沿革及其轨制
御药院“掌受各路香贡，诸番进献贵重药品，修造汤煎”。内有达鲁花赤一人、大使二人、副使三人、直长一人、都监一人。
光绪二十七年(1901年)，帝国主义逼迫清当局签订《辛丑条约》，把东交民巷划为使馆区，使馆区范围内的中国衙署都必须迁走。太病院一时找不到新去处，只得暂借东安门大街太医白文寿宅第应差。不久，太病院又暂移北池子大悲观音院。光绪二十八年(1902年)，才于地安门外皇城根、兵仗局东，另建新太病院，三年完工(此址辛亥反动后，改成私立两吉女子中学)。大门三间，随门有房，西为听差跑堂东为科房。东有地盘祠一间；西有铜神庙一间。宜门内，东西厅各五间，是太医以下医官办公的处所。正北为大堂。后院是二堂，相沿原名仍称“诚慎堂”。院内东房三间是“首级厅”，西房三间是“医学馆”，东耳房二间是“碎务处”，西耳房二间是“教习室”，北面另有诸生自修室。这个太病院新署，现在遗址尚存。即今北京市东城区地安门东大170地安门东大街太病院二堂街一百十一号北京三十二中工厂和一百一十三号文物局家眷宿舍。大堂已拆建，但仍能瞥见当年的础石。二堂及东西厅房均保存着本来的修建，只是已成住房。但是从这些修建中，能够设想到当年太病院那种森严华贵，奥秘莫测的景象。