李定国二攻新会，平、靖二藩接踵派兵入城戍守，靖藩以平藩为首，平藩兵马则以汉军旗参将由云龙、右翼总兵官吴进忠马首是瞻。吴进忠自知身份不比由云龙这个汉军旗参将，是以守城事件不问大小悉向由云龙叨教。
顺治三年，王光恩同清廷委任的郧阳巡抚潘士良产生冲突，被潘士良诬告拘系解往北京，清廷另调南阳副总兵杨文富代理襄阳总兵一职，企图兼并改编三王部下人马。王光泰、王昌两兄弟见势不妙，遂先动手为强，带领所部8000兵马反清，杀代理总兵官杨文富、分巡下荆南道甘文奎、襄阳知府杨矿、推官李实发、襄阳知县潘朝佑等清廷委任的襄阳诸官。反清以后，王光泰派吴进忠前去湖南向督师何腾蛟报讯。
弘光元年，清军阿济格部南下追击大顺军至郧阳时，王光恩又同明朝的郧阳巡抚徐起元一同降了阿济格。降清后，王光恩被任命为襄阳总兵，而时在王光泰部下的吴进忠不过是个小小千总。
王光泰部下总兵官李世英做为二王前锋，率部欲往陕西汇合本地反清武装，不幸被清军击败。没法前去陕西后，王光泰和王昌筹议后率余部四千余人退往夔东地区，同大顺军余部李来亨、刘体纯、袁宗第、郝摇旗、贺珍等部结合作战，成为厥后“夔东十三家”之一。
由云龙被周士相剌身后，吴进忠领受新会防务，城中汉军旗、绿营都归其提调，传闻平南王尚可喜已经故意向清廷请奏吴进忠为广东提督，如果此任命能被清廷通过，吴进忠便能当上当年李成栋做梦都想当上的广东提督要职。
不过实际守城过程中，吴进忠却起到了相称首要的感化，因曾为农夫军的原因，他深知同为农夫军出身的李定国雄师攻城手腕，几次仰仗经历化解新会城危急，更是数次带领死士出城打退李定国的兵马，和由云龙一起胜利守住新会城。
永历朝廷闻知二王兄弟在郧阳归正以后，举朝欢娱，永历天子当即任命王光泰为镇武将军，爵镇武伯；王昌为郧襄总兵，其部李世英为河南总兵，作为使者往湖南联络督师何腾蛟的武进忠亦得了何腾蛟青睐，亲身为其请来右营协理副将一职。
清廷得知王光泰、王昌两兄弟投明后，当即开释王光恩以图挽回郧阳局势。得知王光泰、王昌已经接管南明委任火线将王光恩正法，厥后顿时调派湖广提督孙定辽部马步兵5600名从武昌赶到郧阳平叛。孙部进至离郧阳四十里的安阳口时遭王昌伏兵袭杀，孙定辽措手不及。大败而逃，渡至河湾时因水深难渡坠于马下灭顶。
王光泰与哥哥王光恩、弟弟王昌暮年插手过李自成的农夫军，王光恩在义兵中外号关索，颇是有些名誉。崇祯十四年，王光恩同两个弟弟接管明朝勋阳巡抚徐起元的招安，所部农夫军被改编为官军恪守郧阳，前后击退数次大顺军的打击，为明朝安定了郧阳地区的局势。
就在二王兄弟退往夔东地区的路上，吴进忠俄然率部掉头返回郧阳，王光泰闻讯后急派使者往吴部禁止，殊料使者还未入营就被吴进忠部下斩杀。杀掉使者后，吴进忠一刻也不敢逗留，星夜直奔郧阳向清军投降。再次隆清的吴进忠获得了喀喀木信重，不但没有夺其部曲。更是任其为郧襄副将。
顺治六年，因南边王得仁、金声恒、李成栋等人接踵举旗反清，清军连失数省地盘。各处兵力亦是吃紧，清廷遂从辽东召尚可喜与耿仲明二王率家口旧部入关南下。二王行至湖北时，因吴进忠身材高大，一脸虬须，很有古之大将风采，尚可喜见之心喜，又知其部本是农夫军，战力相较原明朝军队改编过来的绿营兵要强，便成心将其召入麾下听调。