然后朱由崧又重点汲引了几个处所武官，第一个就是扬州的兵备道刘肇基，破格擢升其御营统领，此次亲征，他深感御营力量的亏弱，偌大的帝王圣驾，火器营的缺失像笑话普通，很多时候还是依托锦衣戍卫驾，在京师皇上的安然当然由锦衣卫卖力，但御驾亲征分开京师时，就得希冀御营了。
史可法感觉皇上真是一名功必赏，过必惩的明君，屈膝拜伏，感激谢恩。
是以回京后他对御营停止了扩大精编，调离孱羸，新增了火器营，装备铳炮等轻重火器。然后传旨从京营兵、黄得功部层层提拔精干将士充入御营，扩大后的御营将达到五千人的范围，现在御营缺一个总兵官。
当然反对最狠恶的当属礼部尚书钱谦益，这位东林魁首出班跪奏，说这三人位卑人轻，又没甚么功名，如此擢升既难以服众，也分歧法度，有损国本，望陛下收回成命，如此。
现在他也想逆龙鳞，朱由崧内心当然不痛快了，暗道连朕的面子也不给，那朕身为堂堂的一国之君，何必给你留面子？朕连破格汲引几小我都不可了，竟然拿法度和国本来压朕，莫非非要让朕说出江阴三公几个月后的豪举吗？朕不好开口，即便说出去，尔等也不会信，这些勋臣阁僚言官御使，偶然也挺讨厌，多数与东林党有干系，莫非老弊端又犯了？既然如此，朕无妨就借训教钱谦益之机拍你们几句。
可见这是一员治军精干的忠贞之将，将御营交由此人练习统管正合适。
朱由崧就当庭宣布这一职务由刘肇基担负，此次高杰泛兵扬州，功绩最大的当然是刘肇基，能以几千城管之兵对抗高杰的五万雄师，使高杰强行进驻扬州的诡计化为泡影，庇护扬州数万公众免受军阀的掠扰，很好的共同了朱由崧的仪真伏击战，这功绩应当名垂史册。