当时马新贻不过47岁，资望既浅，又无显赫军功。纯是朝廷为了制衡湘军权势培养出来的政治新贵，湘军中人，如何容得下这根“眼中钉”？
但是这又那边是那么轻易的？别的不说他的湘军就是一个话柄，以是他对于朝廷要裁撤湘军的定见是尽力共同和支撑，但当时湘军权势强大，更有传言曾国藩有野心，因而慈僖太后先把曾国藩调离江宁。
郑敦谨翰林出身，前前任左都御史、刑部尚书（相称于本日的最高监察长官和司法部长），因为办案铁面忘我博得“郑彼苍”之名。
“刺马案”之以是被列入清末四大奇案，一个是因为马新贻作为两江总督的初级宦海身份；另一个是因为这个案子背后埋没的庞大政治军事奥妙――朝野都以为曾国藩安定承平军攻陷天京后，收缴了洪秀全的全数金银，但所上缴朝廷的数额却非常少。
后代史家，多持湘军“刺马”说。以为起码有以下三个来由，令湘军必“刺马”而后快：
马新贻在惩办散兵游勇时非常峻厉，特别是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总办，抓到为害百姓的散兵游勇即当场~正~法。散兵游勇对他恨之入骨。
终究，因曾国藩一个“实无教唆别情”的奏片，朝廷中断了寻求“刺马”案本相的尽力。这句话虽是“此地无银三百两”，但出自勋高柱石的曾国藩，力量非同小可，不过奉告朝中军机大臣：不要再问了，问下去就没甚么好成果了。
他这个时候才明白，本身的背景一死，湘军个人高低对于他的态度，本来马新贻在时，全部湘军个人对于他或者马新贻都是不冷不热的，现在更是冷眼相加，更谈不上共同查案了，而张文祥对他更是嗤之以鼻，也难怪他忿忿不平。
就如许几派钦差重臣，折腾了大半年，到1871年3月14日，曾国藩、郑敦谨联衔上奏，以“漏网发匪逆党挟恨复仇”具结该案，刺客张文祥被处凌迟极刑，并剖心致祭马新贻。一件大案至此，仿佛已成定验。但是，参审官员过后的各种非常表示，却令人感觉此案结犹未结，另有不能道破的隐情。
但直到终究，也没有审出幕后主使，朝廷迫不得已接管了审判成果，只要以身后哀荣来安抚马家先人，上谕赏加马新贻太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，入祀贤能祠，各国史传，并赐谥号“端愍”，意义是为官清正，死得可惜。
马新贻被刺后，执掌朝政的慈禧太后和恭亲王明显看出了一些端倪，急调湘军老祖宗曾国藩回两江坐镇，以防局面变坏。但曾国藩态度却很奇特，两度上折称病请辞江督。
过后，湘军中人多有回籍购田置地，大起豪宅的。当时朝廷曾让时任两江总督的曾国藩查报承平天国国库的下落，曾国藩却只对以天王府已被大火焚毁，瓦砾全无。而马新贻要调查此事，不被杀人灭辩才怪。
第3、有闻马新贻奉有慈禧太后密旨，要他清查承平天国宝藏下落。承平天国在天京运营十年，积聚金银财宝无数。清廷本希冀在霸占天京后，以这笔财产弥补历经十多年表里交战空虚已久的国库。
其子马毓桢加恩赐给主事，分刑部学习行走。其后代子子孙孙可世袭“骑都尉兼云骑尉”的职位。又令在马新贻曾经为官的江宁、庐州等地及其故乡荷泽建立专祠，春秋官为之致祭。这些恩赐总算仁至义尽。
八月初二动静传到北京，如同一颗炸弹在紫禁城内炸开。同治帝看完奏报，大惊道：“谋刺重臣的事情，此是千年第一案。
坊间传闻四起，说甚么的都有，有说张文祥实在是反清义士。曾经是跟从承平天国的一些小构造小权势里的人，杀马新贻乃是杀身成仁的豪举，有说马新贻在江宁敛夺财物，抢了张文祥家的祖宅，更有桃色的说法，说是张文祥的娇妻被马新贻所抢！总之说甚么的都有，社会上传的一片乌烟瘴气。