豫州刺史诸葛长民，本由裕留监太尉府事，闻得刘毅被诛，惹动兔死狐悲的看法，便私语支属道：“昔日醢彭越，本日杀韩信，祸将及我了。”长民弟百姓进言道：“刘氏覆亡，便是诸葛氏的前鉴，何勿乘刘裕未还，先发制人？”长民思疑未决，私问刘穆之道：“人言太尉与我不平，究为何故？”穆之道：“刘公溯流西征，以老母冲弱委足下，若使与私有嫌，莫非有这般放心么？愿公勿误信蜚言！”穆之为刘裕亲信，长民尚且不知，何如想图刘裕？长民意终未释。再贻冀州刺史刘敬宣书道：“盘龙刘毅小字。专擅，自取夷灭，异端将尽，世路方夷，繁华事当与君共图，幸君勿辞！”敬宣知他言中寄意，便答书道：“下官常恐福过灾生，时思避盈居损，繁华事不敢企图，谨此复命！”这书收回，复将长民原书，寄呈刘裕。裕掀髯自喜道：“阿寿原不负我呢。”阿寿就是敬宣小字。说毕，即悬拟入都期日，先遣人报达阙廷。
长民闻报，不敢脱手，惟与公卿等届期出候，自朝至暮，并不见刘裕到来，只好偕返。次日，又出候裕，仍然不至，接连来回了三日，始终不闻萍踪，免不得疑论纷繁。裕又捣蛋。谁知是夕傍晚，裕竟轻舟径进，潜入东府，大众都未知悉，只要刘穆之在东府中，得与裕密议多时。到了诘旦，裕升堂视事，始为长民所闻，仓猝趋府问候。裕下堂相迎，握手殷勤，引入内厅，屏人与语，非常款洽。长民非常舒畅，不防座后突入两手，把他拉住，一声怪响，骨断血流，立时毙命，遂舆尸出付廷尉，并收捕长民弟百姓幼民，及从弟秀之。百姓夙来勇猛，搏斗而死；幼民秀之被杀。当时都下人传语道：“勿放肆，付丁旰。”旰系裕麾下懦夫，拉长民，毙百姓，统出旰手，这恰好算得一个大功狗了。意在言中。
卢循智过孙恩，徐道复智过卢循，要之皆不及一刘裕，裕固一世之雄也。道复死而循乌得生？穷窜交州，不过苟延一时之残喘罢了。前则举何无忌刘毅之全军，而不能制，后则仅杜慧度之临时召合，即足以毙元恶，势有分歧故耳。然刘毅不能敌卢循，乌能敌刘裕？各种诈谋，徒自取死。诸葛长民，犹之毅也。谯纵据蜀九年，负险自固，偏为朱龄石所掩入，而龄石之谋，又出自刘裕，智者能料人于千里以外，裕足以当矣。然江左诸臣，无一逮裕，司马氏岂另有幸乎？魏崔浩论当世将相，尝目裕为司马氏之曹操，信然。
裕亲督师解缆建康，命参军王镇恶为振武将军，与龙骧将军蒯恩，带领百舰，充作前驱，并授密计。镇恶日夜西往，至豫章口，去江陵城二十里，舍船步上，扬言刘兖州赴镇。荆州城内，尚未知刘藩死耗，还道传言是实，一些儿不加防备。至镇恶将到城下，毅始接得侦报，并非刘藩到来，实是镇恶打击，当即传出急令，四闭城门，那知门未及闭，镇恶已经驰入，遣散城中兵吏。毅只率摆布百余人，奔凸起城，夜投梵刹，寺僧不肯容留，急得刘毅势穷力蹙，没何如投缳他杀。究竟逊裕一筹，致堕狡计。镇恶搜得毅尸，枭首报裕。裕喜已遂计，即西行至江陵，杀郗僧施，赦毛修之。宽租省调，节役缓刑，荆民大悦。裕留司马休之镇守江陵，自率将士东归。有诏加裕太傅，领扬州牧，裕表辞不受，惟奏征刘镇之为散骑常侍。镇之系刘毅从父，隐居京口，不求仕进，尝语毅及藩道：“汝辈才器，或足匡时，但恐不能悠长呢。我不就汝求财位，当不为汝享福累，尚可保全刘氏一脉，免致灭门。”毅与藩那里肯信，还疑乃叔为猖獗，偶然过门候谒，仪从甚多，辄被镇之斥去。公然不到数年，毅藩遭祸，亲族多致连坐，惟镇之得脱身事外。裕且闻他高贵，召令退隐，镇之当然不赴，唯守志毕生罢了。不没高士。