石达开部众离散，悲观沮丧，邵武为湘军攻陷，至此，石达开在福建遭到全面失利，最后剩三四万乌合之众。
不到一个月，石达开在福建据点被清军一一断根，只余邵武孤城，四万雄师困于城中，上天无路，下地无门。
石达开站在城楼上，冷风吹来，慨叹起落毛凤凰不如鸡，他的原摆设曾都是天国骄兵悍将，这些老兵油子自蓄发跟随洪、杨，从金田到永安，再从永安到天京，向来只要他们杀得清妖狼奔豕突，无路可逃，现在却落入此等绝境：“天要亡我石达开吗？我不甘心！我不信命！我命不由天！”
幸亏石达开偏师再度发威，霸占宁化，知府雷瑞光败逃。石达开尚未及移师宁化，清朝又一七品县令建立奇功，代理知县刘润田使部下团练冒充长毛，星夜赚开宁化城门，迎雷瑞光入城。
石达高兴灰意冷，第二天放弃长汀，超出大隘岭，乘虚攻占八十里外的江西瑞金县城，十一月尾霸占了赣粤鸿沟的南安府，和四周的南康、崇义县城，将行营设在南安府北的池口镇，此时南有石镇吉的兵马在攻打广东境内的南雄县城，东有重新归队的花旗军林彩新围攻信丰县城，管束了清军的兵力，石达开乘机在南安休整士马，松了一口气，筹办安度春节。
杨辅清出走后，石达开整备兵马，试图光复杨辅清先前占有的松溪、政和两地，稳固根本。1858年8月16日，石达开命令部众强攻松溪，松溪本地练勇却英勇非常，石达开攻城仅一日即放弃。
外甥黄贵生是已故翼贵丈黄玉昆的孙儿，石达开喝退承宣官，喃喃自语道：“众叛亲离，连贵生这孩子都分开我这娘舅了。莫非都觉得跟了我石达开就毫无前程了吗？”
石达开的外甥黄贵生劝他回江西去：“我们还是回到江西去吧，杨辅清不是转移胜利，到了景德镇了吗？不要踌躇了，也走铁牛关这条线路北上吧。”
第二天，石达开的雄师撤出邵武城，冲破了清军的围攻，经闽赣鸿沟武夷山区的泰宁、宁化等县而达汀州府城长汀县。一起上山雨绵绵，山路泞滑，粮食完善，士卒饥困狼狈，怨声载道，除了战死以外，因饥饿而倒毙山径沟壑的也不时可见，军士离心的征象更加严峻了。石镇吉带领胞弟石镇常和部将曹广依等两万多人，仍然远远避开翼王，而自在活动在长汀东边的连城一带。
石达开主力受挫于浦城之下，荣幸的是他的偏师却在建阳一带大破清军，收得流民五万，步队扩大很多。而后数月间，清军在回龙塘、老佛庵接连打败石达开，迫其率军撤至水吉镇。石达开正待在水吉清算败军，清军却穷追不舍，未几日，再克水吉，石达开尽弃粮草辎重，与偏师会于建阳。清将饶廷选救兵大至，照顾多量东西，猛攻石达开据点，匡开益也采集残部，会同团练，在饶廷选援助下，攻占建阳。
黄贵生到了石镇吉的大营，石镇吉不肯返来了，还劝黄贵生留下：“不是石某无情叛逆！翼王今非昔比，他没有容人之量！并且就凭现在的兵力，我们只能活行动战，打一枪换一个处所，而不能跟清妖抢杭州那样的多数会！并且支撑我们的公众都是乡间贫苦的百姓，我们去城里能做甚么？我已经劝过翼王数次，他就是不听。我只好单干了，道分歧不相为谋吧！”
石达开转攻政和，扎下营寨，为一字长蛇阵状，长二十余里，诡计阵容上赛过清军，当晚还命士卒添备火把，连夜决斗清军，清总兵池建功固执抵当，率部与石达开日夜苦战，但本来参与攻城的福建农夫叛逆兵因杨辅清拜别，不肯与石达开合作，纷繁撤走。