佛图关川兵腹背受敌，仓促失措，向重庆府城撤退，张献忠趁机与王尚礼合力取下佛图关。佛图关位于铜锣峡上游，一旦易手，铜锣峡也不免进退失据。马元利借势再攻，很快破口。张献忠、王尚礼、马元利三路见面，雄师由是顺利齐聚重庆府城之下。
重庆府即古之巴郡，因大江与嘉陵江自朝天门合流三折而呈“巴”字得名。南朝梁武陵王萧纪于此置楚州，后至隋朝改成渝州。北宋崇宁年间，因奉议郎赵谂在此被人告暗害反，宋徽宗赵佶易名渝州为恭州，以恭敬警之。南宋淳熙十六年宋孝宗赵眘驾崩，分封于此的恭王赵惇得继大统，遂改名重庆并相沿至今。
汇合了石砫兵后，赵营本部即附庸兵马一万七千人随之挺进酆都县。没成想，玄月下旬，就在王来兴巡查外县城表里防务回到城中时，覃奇功早已等待在了那边，且从覃奇功那愁云密布的脸上，王来兴心知事有不妙。
“川抚衙门兵力捉襟见肘，陈士奇保地守土要紧，有我军互助，必定不会回绝。”日前赵‘荣贵已经请覃奇功代笔写了信星夜兼程送去重庆府城，覃奇功猜想起陈士奇的态度自傲实足，“有我军帮他灭贼，他乌纱帽或许还能保住。”
川兵的孱羸令人不测，西军强大之速一样出人料想。覃奇功持续道：“献贼入川，如鱼得水，几近有当年闯军复起于河南的燎原之势，如果不尽早扼杀，必成大患。”
“川兵林林总总虽也有很多，但一来大多战力低下，二来分离无序，我军本部加谭家兄弟、赵‘荣贵已有一万五千人，谅川地无人能是敌手。”王来兴说道。
这支石砫兵由秦良玉长孙、目前石砫宣慰司宣慰使马万年带领。马万年刚二十出头年纪，没打过甚么仗，川东土司各处，相互仇杀争斗，秦良玉对他寄予厚望，自有给他机遇磨砺熬炼的意义在内里。别的随军的另有秦良玉的两个侄子秦拱明、秦祚明为帮手。秦拱明之父秦邦屏在泰昌元年战死于辽东浑河，秦祚明之父秦民屏也在天启四年的奢安之乱中陷阵死，两人都是忠烈以后，任职过参将、副将等军职，熟知行伍，有他们在，石砫兵的战役力仍然有包管。
除了府城本身，周遭形胜一样险要。从府城溯大江而上八十里有猫儿峡，石壁矗立穿云，峻峭堪比夔门。沿江而下二十里有铜锣峡，壁立千仞不亚于猫儿峡。此二峡即重庆府水路高低流派。另有城西佛图关，仅山脊峭壁间开凿出的一线小道与城相通，为路上咽喉。佛图关向西更有二郎关，万仞深壑，一门壁辟，又乃佛图关的锁钥。
张献忠做事向来判定，他令马元利率军持续佯攻铜锣峡吸引住川兵的重视，本身则带着精骑营精锐在火线择窄湾强渡至大江南岸，以后再度操纵最特长的奔袭，从南岸大兴场一日夜奔驰一百五十里，绕到重庆府上游的江津县，在那边敏捷击溃毫无筹办的少量川兵，篡夺了船队。然后马不断蹄，兵分两路，一起王尚礼批示马军重新渡至江北，并沿德感坝转进重庆府西面官修大道，至佛图关前四周待命。另一起张献忠亲身批示，乘船自江津逆流直下偷过猫儿峡，只颠末大半日时候即登岸重庆府城与佛图关之间的菜园口，继而抄至两路口，截断了两边官军的联络。
张献忠对重庆府城志在必得，即便受挫也不沮丧。在夜间亲身骑马绕着府城城墙周到窥伺，成果在通远门城根部发明有土，能够发掘隧道。次日凌晨，立令兵士行动。川兵一如既往阻击西军，但张献忠威势甚烈，下了死号令，无人敢再退后半步，无数西军兵士顶着木板，前仆后继靠近通远门四周的墙根，短短一日，死尸堆满城下，如同座座山茔。连挖两日，是日黑云密布，隧道已成，但贫乏火药容物。张献忠别出机杼，令兵士就近砍伐大圆木，凿空中间，填入千斤火药，外用铁皮包裹严实，凑出一共数十根抬进城根下的隧道。至夜间火发炮着，爆炸震响如同地裂山崩，城表里烈焰四起。