《纪效新书》本来十八卷，卷首一卷。详细篇目以下：卷首包含“任临观请创建虎帐公移”、“新任台金严请任事公移”、“纪效或问”三篇。注释分：束伍篇第1、操令篇第2、阵令篇第3、谕兵篇第4、法禁篇第5、比较篇第6、行营篇第7、练习篇第8、出征篇第9、长兵篇第十、牌筅篇第十1、短兵篇第十2、射法篇第十3、拳经篇第十4、诸器篇第十5、旗号篇第十6、守哨篇第十7、水兵篇第十八，共十八篇十八卷。别的，戚继光被调广州镇粤时，曾“复取《纪效新书》雠校，梓于军中。”（《戚少保年谱耆编》卷十二“孝思词祝文”）此本共十四卷。不但卷数与十八卷本分歧，并且篇目和内容也有差别。卷前有明王世贞《戚将军纪效新书序》和与《练兵实纪・凡例》大抵不异的“教习次第”。这里不仿将其篇目也誊写于下：束伍篇第1、耳目篇第2、手足篇第3、手足篇第4、手足篇马附第5、比较篇第6、营阵篇第7、行营篇第8、野营篇第9、实战篇第十、胆气篇第十1、舟师篇第十2、守哨篇第十3、练将篇第十四，共十四篇十四卷。十四卷本是戚继光暮年的手校本，接收了《练兵实纪》的精华，弥补了新的内容，值得正视。《纪效新书》（十八卷本）总序中的“公移”紧密连络东南本地的地形、我情与倭情，阐述了练兵的需求性和首要性，提出了一套较为完整的练兵实际和打算。《纪效或问》则对首要题目，特别是最急需处理的事情停止申明和论辨，以防迷惑不解，他自注说：“柬伍既有成法，必信于众，则令可申。苟一字之种疑，则百法之是废，故历述所急与可辨者，为或问以明之。”注释十八卷详细而又详细他报告了兵员的提拔和编伍、水陆练习、作战和阵图、各种律令和奖惩规走、诸种军诫兵器及火药的制造和利用、烽堠报警和旗语信号等建军作战的各个方面，并有大量形象逼真的兵器、旗号、阵法、习艺姿式等插图。书中还详细记叙了戚继光发明的鸳鸯阵，即一种以牌为前导，筅与长枪，长枪与短兵互防互救，双双成对的阵法。
《纪效新书》特别夸大奖惩在治军中的感化，主张奖惩要公道，赏不避仇，罚不避亲，指出：“凡奖惩，军中要柄。