第二年秋，他带领三千马队出高柳，前后巡行雁门、代郡、上谷等地。乌桓尖兵发明汉军到来，部众纷繁散去，马援无所得而还。
他家里老是来宾盈门，旧友满座。部下的官吏来汇报详细事件，如果不是非管不成，他就说：“这是县丞、县尉的任务，你们老来烦我干甚么？如果大户人家欺负小老百姓，有内奸入侵，这才是我的事！”。
“你听过马革裹尸的故事吗？”马平问。
马平说完马援故事，叹曰：“大丈夫当师法我祖，生作人杰，死为鬼雄。交战疆场安宁天下，马革裹尸又有何憾？管理处所为善百姓，鞠躬尽瘁青史留名！
马援封侯，没有本身道贺，而是杀牛摆酒，犒赏将士。接着，马援率大小楼船两千多艘，兵士两万多人，进击徵侧余党都羊等，从无功一向打到巨风，斩俘五千多人，安定了峤南。
建武十三年，武都参狼羌与塞外各部结合，杀死官吏，策动兵变。马援率四千人前去征剿。军队行至氐道县境，发明羌人占有了山头。
皇太子、诸王听马援讲故事，从不感到厌倦。马援还善言军事，光武帝常对人说：“伏波论兵，与我意合”。是以，凡是马援提的建议，光武帝都予采取。
马援又奏明朝廷，为他们安排官吏，修治城郭．制作工事，开导水利。鼓励人们生长农牧业出产，郡中百姓今后安居乐业。
传闻，光武帝览书后，感觉马援这体例、这比方，都可谓绝妙，赞叹之余，来了个当场应用，命令把宫中小黄门头上有虱子的，一概剃成了秃顶。
马援还参照汉朝法律，对越律停止了清算，修改了越律与汉律相互冲突的处所，并向本地人申明，以便束缚。今后以后，本地始终遵行马援所申法律，所谓“推行马将军故事。”
光武帝见马援豪气不除，大志未已，很受打动，笑道：“矍铄哉是翁也”！因而派马援带领中郎将马武、耿舒、刘匡、孙永等人率四万人远征武陵。
马援平生南征北战，军功卓著。建武十一年夏天，光武帝任命马援为陇西郡郡守。马援一上任，便清算兵马，派步骑三千人出征。先在临洮击败先零羌，斩首数百人，获马牛羊一万多头。守塞羌人八千多，望风归降。
一次，在靠近县城的处所，乡民们结伙械斗仇杀。人们误以为羌人要造反，惶恐失措，抢先恐后涌人城来。狄道县县长闻变，赶到马援府门，叨教封闭城门，整兵防备。
马援乘胜进击，在禁溪一带数败徵侧，敌众四散奔逃。第二年正月，诛杀了徵侧、徵贰，传首洛阳。朝廷封马援为新息侯，食邑三千户。
有一次，马援在寻阳(今湖北广济东北)安定山林乱者，曾上表给天子，此中有如许的话：“破贼须灭巢，撤除山林竹木，仇敌就没有藏身之地了。比如小孩头上生了虮虱，剃一个秃顶，虮虱也就无所凭借了。”
马援大获全胜，斩首千余级。但因为兵少，没有穷追仇敌，只把羌人的粮谷和牲口等财物收为汉军统统。此战，马援身先士卒，飞箭将其腿肚子都射穿了。
马援还派羌族豪强杨封压服塞外羌人，让他们与塞内羌族结好，共同开辟边陲。别的，对武都处所叛变公孙述前来归附的氐人，马援以礼相待，奏明朝廷，规复他们的侯王君长之位，赐给他们印缓。
此前，当军队到下隽时，有两条路可走，一是经壶头山，一是经充县。经壶头山，路近，但山高水险，经充县，路远，粮运不便，但道途平坦。
光武帝感觉他言之有理，依从了他的定见，下诏号令武威太守把从金城迁来的客民全都放回。放回的客民一共有三千多，他们各自都返回了客籍。