谢安对桓温道：“公阿衡皇家，当倚傍先代。”乃命人取《霍光传》，礼度仪制，很快就肯定下来，谢安朝服当阶，神采决然，不象其他官员那般脸有惧容，朝堂上的文武仪准皆由谢安取定，朝廷高低由此爱护谢安。
桓温命侍御史、殿中监率卫兵百人送司马奕归东海第，又亲帅百官筹办了乘舆和法驾，迎琅琊王司马昱于琅琊府邸，司马昱至此也只要当此大任，入朝堂改更服饰，著平巾帻、单衣，向东垂泪，拜受玺绶，是日，即天子位，改元咸安。
褚太后没有理睬天子司马奕，只问琅琊王司马奕道：“桓大司马现在那边？”
桓温心道：“司马奕只是一个昏君，我废了他竟也招惹了这么多眼泪，可见晋祚尚不能绝，我若仓促禅位自主，必致朝臣狠恶反对，祸不成测，陈操之以魏武、晋文之事说我，此诚深谋远虑也。”
王彪之见桓温举司马勋为例，他无话可说了，梁州刺史司马勋正在西川反叛，他若帮武陵王司马晞美言，照桓温的实际那就等因而为司马勋张目了。
桓温既废帝立新君，又徙武陵王于新安，威势显赫，朝廷更赐钱五千万、绢二万匹、布十万匹，诏桓温留京师辅政。
桓温自知建康世家大族不从命他的不在少数，留在建康反而不易行事，在姑孰遥遥威慑是上策，便先归白石，上书求归姑孰。
十月初三，桓温表武陵王司马晞诸罪，免除了司马晞父子太宰、散骑常侍之职，徙新安郡，不得私蓄甲兵，不然以谋逆论处。
琅琊王答道：“屯兵于白石。”
褚太后哀思地看着这个即将被废黜的天子司马奕，司马奕虽并非她所生，司马弈与哀天子司马丕的生母是周太妃，这兄弟二人都没有一国之君的体统，一个服药求仙，乃至于中毒而亡；一个合气求仙，人伦道丧，现在终究被桓温找到借口，要废帝立威——
褚太后入显阳殿，女官服侍笔墨，于桓温奏章后批复数行，交给琅琊王司马昱，不觉泪下，说道：“还望皇叔谨慎化解此危急，莫使晋祚断绝。”
次日一早，桓温坐镇台城尚书省，向王彪之表示欲废太宰、武陵王司马晞父子，王彪之道：“武陵亲尊，未有显罪，不成以猜嫌之间便相废徙，公建立圣明，当崇奖王室，与伊尹、周公同美，废徙大事，望宜深详。”
王彪之点头道：“高侍中所言极是，若鞠问时，那三人胡言乱语起来，有损皇室面子，倒霉于保全天子季子。”
己酉日，桓温在台城太极殿西堂调集百官，废立之事，旷代所无，不但百官震栗，就是桓温本身也是悚动流汗，见于色彩，并且既然要行废立之事，那么也需求必然的礼节，大臣中莫有识其典故者。
褚太后点点头，说道：“小皇叔要以国度社稷为重，统承皇极，莫为谦辞。”
十月初九，桓温回到了姑孰西府，他按陈操之所谋的第一步废帝立威大功胜利。
百官皆泪下沾襟，桓温亦汗湿后背，兢惧不已。
桓温认得这是武陵王司马晞，官居太宰，是晋元帝的第四个儿子，后过继给武陵王司马喆为嗣，上午桓温在朝堂调集百官时，司马晞就称疾不至，这时却用心在他面前大踏步走过，这的确是对桓温的欺侮，桓温方才因新君司马昱的眼泪而有些惭愧的心顿时坚固起来，心道：“我既至建康，虽不谋大肆，却也要把这些停滞清理掉，这个司马晞很有勇力，欠好学而好武，有私兵数百，皆剽悍善战，此人定要撤除，就趁此建康君臣民气未稳之际，尽早行事。”
司马昱命御史中丞谢安、太子洗马陈操之前去白石驱逐大司马桓温入都，十月月朔丁未日，桓温率步骑三千到达建康城下，驻兵城外，带三百甲士入城——