接着第二门神功是《八九玄功》，这门神功是道门三清之一元始天尊所创，为阐教之镇教护法神功。这门神功主修肉身和窜改，练成以后肉身成圣，不垢不净，不生不灭，万劫不磨，三头六臂，法天象地，窜改多端，善避灾劫，神通具足，力大无穷。对这门神功最为精通的是神话传说中非常着名的三人，别离是梅山大圣袁洪，斗克服佛孙行者和清源妙道真君杨戬。
独孤十三获得的第五式迎佛西天，便只要心法，没有佛兵‘涅磐经轮’，只能修炼出‘如来金身’，并进阶无上造化境，但这一式掌法的能力只能阐扬五成。对他来讲，算是三门神功里最差的一门。
练成第六层玄浑沌以后，本身气劲浑厚凝重，具有最强抗击力，统统来招均如泥牛入海，难以发挥。
练成第一层白云烟以后，可使出蒸烟炽热沸腾，满盈如瘴，蔽人眼目，扰乱仇敌。
最后一门神功《如来神掌》是一门比起前两门涓滴不弱，乃至更强的神通，但独孤十三的识海中只要此中的非常之一，便是第五式迎佛西天。这门神功是如来佛祖所创，共有十式，别离是佛光初现；金顶佛灯；佛动江山；佛问迦蓝；迎佛西天；佛光普照；天佛降世；佛法无边；万佛朝宗和九九归元，普渡众生，上天下地，唯我独尊！
这十式如来神掌的前九掌都可伶仃修炼，每一式都是震古烁今的无上绝学，可直通无上造化境，而第十式‘九九归元，普渡众生，上天下地，唯我独尊’，需把前九掌练成，并融会贯穿以火线可练成。练成以后可中转永久此岸境。
《浑天宝鉴》十层全数练成以后，代表修炼者已经把握了阴阳，水火，六合，存亡和真假十条六合大道，这是一门超出《九阳神功》，《独孤九剑》等云舟大陆统统神通的功法。
练成第四层碧雪冰以后，可差遣冰云寒气无孔不入，侵肤入骨，冻彻心肺，气血经脉皆能霜化固结。
这三门神功独孤十三不成能同时修炼，必须有所弃取，但没用多久，独孤十三就拿定主张，先修炼《浑天宝鉴》！