季后赛中，马刺还是状况炽热，4场横扫孟菲斯灰熊队。第二轮，马刺遭受“老朋友”洛杉矶湖人队。之前一年，马刺4比2淘汰湖人，让“ok”组合在斯台普斯球馆里大肆飙泪，同时也阻却了敌手四连霸的诡计。现在再度拍马叫阵，两边各有考虑――湖人想证明客岁只是个不测，而马刺想用一次连冠来镀一镀王朝的金身。总之，他们必须从敌手的身上踩踏畴昔。而罗伯特-霍里赛季前从湖人转投马刺；卡尔-马龙舍圣城而奔洛城，无疑为这组对决火上浇油。
冠军形状（1999至今）
“双塔”：邓肯和罗宾逊（1997－2003）
2000年到2002年，因为处于“湖人王朝”期间，马刺队两度遭湖人队淘汰。
第五场“天王山之战”，之前26投10中的科比在还剩11.5秒时投中一球，湖人72-71抢先。随后邓肯在高位接球，奥尼尔紧贴。邓肯向里运了两次球，来不及看时候，邓肯向左火线侧仰，迎着奥尼尔的巨掌，用一个不法则的行动将球扔进篮筐。马刺73比72。可惜邓肯留给了敌手0.4秒。持续三次停息过后，佩顿在界外乘机发球，奥尼尔佯下篮下，带走戍守球员；科比跑到三分线外，吉诺比利和霍里上去夹攻；德里克-费舍尔身前空空如也。顷刻间，佩顿将球抛了出去，费舍尔翻身在空中将球信手掷出。皮球划出高高的弧线，栽进篮筐。
埃利奥特在17场季后赛中均匀每场出场33.8分钟，并且他完成了闻名的“阵亡将士记念日的古迹”。在那一天的比赛中，他在还剩下9秒时，踮着脚尖极力保持身在场内，并射中了一个关头的三分，帮忙马刺队在西部决赛同波特兰的第二场比赛中以86比85反败为胜。
主裁丹-克劳福德与两名裁判一遍遍回看录相，终究认定费舍尔在时候还剩0.1秒时脱手，以是进球有效，马刺遗憾出局。
以中西部赛区第一身份进入季后赛后，马刺迎来的第一个敌手是承平洋赛区第四菲尼克斯太阳队。第一场比跑马刺队就送给了球迷们一个“欣喜”，95：96一分输给西部第八太阳队。太阳队新秀阿玛雷-斯塔达迈尔操纵开场前7.9秒的三分把两边拖进加时赛并终究险胜。这场比赛，马刺全队罚球41罚仅26中。固然首轮告负，马刺队仍然仰仗高出一筹的气力拿下了第2、3、5、6场比赛，顺利进级。
1997－98：邓肯到来，马刺从天国到天国圣安东尼奥马刺队晓得他们会在1997－98赛季中获得很大的进步。毕竟，他们刚畴昔的赛季的20胜62负的成绩也是球队25年nba汗青上最糟糕的。但是，他们优良的表示还是很快让很多的nba球队感到吃惊。
西部决赛，马刺迎来了最微弱的一个敌手――达拉斯小牛队。两队的比赛相称胶着，但在第二场较量中，小牛当家球星德克-诺维茨基在比赛中与马努-吉诺比利的一次相撞受伤，导致了前者随后三场比赛的缺阵。马刺顺利地4-2克服敌手，进级总决赛。总决赛敌手新泽西网队在东区决赛中以4：0横扫了底特律活塞队，坐看马刺苦战6局出线。而马刺队与网队的总决赛实在能够用“丑恶”来描述，马刺队有些漫不经心，始终保持着胜一场输一场的节拍，仿佛铁着心要在故乡球迷面前夺一回冠，邓肯永久不温不火，不知不觉持续拿下了14个两双！网队在马刺的戍守面前无所适从，主动权一向把握在马刺手中。马刺再次不出料想4：2克服了敌手，因而博得了球队汗青上第二个nba总冠军。邓肯加冕nba通例赛和总决赛双项mvp；大卫-罗宾逊带着总冠军戒指在圣安东尼奥告别了14年的nba生涯；老将史蒂夫-科尔终究能将一只手的5根手指都套满总冠军戒指了；威利斯、史女人、费里、帕克、吉诺比利、巴特尔等人也第一次亲手触摸到了奥布莱恩杯。