第二轮马刺队迎来了洛杉矶湖人队。在过往的几个赛季里，马刺曾多次被湖人击败。不过眼看湖人队日渐衰弱，马刺复仇的机遇到了。他们一开端便在主场以87：82击败了湖人。前两场比赛，仰仗着邓肯、罗宾逊和鲍文的超卓阐扬，马刺没有让故乡球迷绝望。但来到洛杉矶后，马刺前两场的上风消逝殆尽，湖人主场两连胜扳平了总比分。第5场比赛回到马刺主场，湖人“关头先生”罗伯特-霍里最后一击失手，2分惜败马刺。洛杉矶人感到了不祥之兆。回到湖人主场，马刺队110：82让”ok”组合哭了个痛快。
本年的马刺与以往大不不异。2001年nba选秀大会上选中的法国明星球员托尼-帕克已经成为了球队首发控球后卫。别的，马刺阵容还集结了一批新得来的三分离，包含斯蒂芬-杰克逊、丹尼-费里、布鲁斯-鲍文、史蒂夫-科尔、史蒂夫-史女人以及1999年二轮签抽中而本年才开端其nba菜鸟赛季的阿根廷“妖刀”马努-吉诺比利。
圣安东尼奥的这个冠军赛季有一个糟糕的残局，他们在2月仅仅获得6胜8负。但球员们终究找到了最好的比赛状况，同时在经历丰富的扭捏人马里奥-埃利进入先发阵容后球队也一下子找到了胜利的感受。在他们慢热的残局后，马刺以31胜5负完成赛季，并且他们在全部季后赛中的成绩为15胜2负。
冠军形状（1999至今）
埃利奥特在17场季后赛中均匀每场出场33.8分钟，并且他完成了闻名的“阵亡将士记念日的古迹”。在那一天的比赛中，他在还剩下9秒时，踮着脚尖极力保持身在场内，并射中了一个关头的三分，帮忙马刺队在西部决赛同波特兰的第二场比赛中以86比85反败为胜。
邓肯身边的另一名外线大卫-罗宾逊也表示超卓。这名全明星球员在他效力马刺的这第10个赛季中，在总决赛的系列赛内里均匀每场获得16.6分、11.8个篮板和3.0次盖帽。同时，这也使得圣安东尼奥成为了第一支夺得nba总冠军的前aba联盟的球队。
邓肯持续第二年被选入nba的第一阵容。他同时也是nba中独一一个在得分21.7（第6）、篮板11.4（第5）、盖帽2.52（第7）和投篮射中率统计49.5%（第10）中都名列前10的球员。
“双塔”：邓肯和罗宾逊（1997－2003）
第五场“天王山之战”，之前26投10中的科比在还剩11.5秒时投中一球，湖人72-71抢先。随后邓肯在高位接球，奥尼尔紧贴。邓肯向里运了两次球，来不及看时候，邓肯向左火线侧仰，迎着奥尼尔的巨掌，用一个不法则的行动将球扔进篮筐。马刺73比72。可惜邓肯留给了敌手0.4秒。持续三次停息过后，佩顿在界外乘机发球，奥尼尔佯下篮下，带走戍守球员；科比跑到三分线外，吉诺比利和霍里上去夹攻；德里克-费舍尔身前空空如也。顷刻间，佩顿将球抛了出去，费舍尔翻身在空中将球信手掷出。皮球划出高高的弧线，栽进篮筐。
马刺残局并没有设想中的顺风顺水，以19－13的战绩进入一月。一月份马刺全新的体系开端逐步成型，随后在持续的9个主场比赛里拿下8场，重登榜首。马刺队一起高奏凯歌，在赛季结束前抹去了7场胜差，与达拉斯小牛队并列博得nba最好战绩。蒂姆-邓肯随后突破平局，帮忙马刺博得了队史第三个赛区冠军，本身也理所当然地博得了职业生涯第二个nba最有代价球员奖。