梁山军团也停止了重新改组整编，由卢俊义为军团长，林冲为军团总教习，鲁智深为副军团长，吴用、公孙胜为摆布总智囊长。
第二军由赵云任军长，下辖两个师，别离为原孙立独立第一师，现改成梁山军团第三师，以及原董平第八师，现改成梁山军团第四师。
参谋处：专责参赞军机，推演军情，由朱武任统领之职，扈成、朱贵、燕青、乐和、铁木华为参赞智囊，朱贵仍兼任小王庄总管。
医务处：专管诊病治伤，由安道全任统领。
第一军由梁山军团总教习林冲兼任军长，下辖两个师，别离为花荣第一师，以及呼延灼第二师。
鲁智深任军机阁副阁正，兼任梁山军团副军团长。
王伦悄悄掂动手中的绿林令，向柴进慎重说道：“古来凡成大事者，必是高低一心，令行制止，以律令为先，也只要纪法严明，奖罚有道，方能成绩一番奇迹。
军机阁内设立参谋、军情、演训、武选、军纪、驭马、督造七处。
第四独立师为原马麟混成第七师，仍由马麟任师长。
第1、第二独立师由原王伦近卫旅、史进步战师异化扩大改编而成，此中第一师为“龙骧”师，由史进任师长，第二师为“虎贲”师，升调原宋江亲卫师旅长雷横任师长。
发丘处：专管探墓寻陵，由石勇任统领。
林冲任军机阁副阁正，兼任梁山军团总教习。
杜迁、宋万、郝默、阿奇、铁木华、纳牙阿仍为王伦贴身保护，铁木华同时兼任参谋处参赞智囊，燕青、乐和也以参赞智囊身份兼任王伦的贴身保护。
审判处：便是仿照后代的法院，利用审判之责，由裴宣任统领。
从今而后，在绿林盟内自总盟主王伦以下，分为政务、司法、军事三大体系，这三套体系之间便是相互独立，不相统属，但却又互有制约，互为监督。
卢俊义知是王伦委大任于己，又岂能推托，当即大步上前，接过太阿剑高举过顶，明示世人。
刑铭处：专管刑铭监狱，按律法律，访拿违法乱纪之徒，保护大众安然，由蔡福任统领。
王伦见再也推托不得，只得起家将世人扶起，又叹了口气，才道：“看来是我气度狭小了，我也确有思虑不周之处，一时只想着不成枉争浮名实利，却忘了众家兄弟与天下百姓。
第三独立师为原宋江亲卫师，仍由朱仝任师长。
梁山忠义堂内统统利用之物早已筹办齐备，王伦一到，便被众头领推至居中高位就坐，随后便以卢俊义、柴进为首，带领绿林一众头领领袖站立堂内，向着王伦行大礼参拜，尊呼总盟主。
王伦又拿起绿林令，而这绿林令已经不再是本来晁盖、宋江所用的，由碧玉所制刻有青竹图形的绿林令牌，而是换成了王伦的那枚伦字梁山令。
督察处：便是仿照后代的纪委、查察院，专司查察各种违法乱纪之事，由蔡庆任统领。
自本日起，天下绿林武备尽由卢俊义执掌，凡是军机之事，有专断专行之权，不必问我。”
梁山军团直属的四个独立师，为军团直管军队，由军团总部直接批示。
并在军团各部当中，抽调焦挺、黄信、鲍旭、杨春、郑天寿、郁保4、解珍、解宝、吕方、郭盛、项充、李兖、孔明、孔亮等十四报酬宿卫师各团团长。
王伦听卢俊义、柴进二人说完，一时沉吟不语，卢俊义向柴进使个眼色，二人回身回到原地跪下，齐声说道：“请大哥为家国百姓计，早就总盟主之位。”
有鉴于此，王伦便效仿后代当代中国的纪委监察体系，设立了明镜阁，并建立起呼应配套的法律，以保护绿林梁山的纲常法纪。
王伦转向卢俊义，浅笑道：“绿林以内，能配此剑者只俊义一人，本日我便将此太阿剑赐赉你，任你为绿林梁山军团长之职，同时掌管军机阁。