当年，他为了出海经商，募集了一大笔资金，却未曾想被海盗挟制到南澳岛，又被林风海盗个人卷走，流亡到了吕宋，全数财产都被海盗所打劫，就算被林风从玳瑁港开释返来，他一进家门，便被借主堵在了里边，有关这段汗青，请参看本书第一卷《义憾风云动》。
厥后，林邵琦跟从马五远走琉球，斥地了一条通往西域的新航路，返航时路过马尼拉，恰好赶上林风大闹吕宋岛，他和马五都成了西洋人的俘虏，关于这段书，我们在本书第三卷《风云犹在起》中讲过，在此不做赘述。
林邵琦和马五伴随郭奕来到巡抚衙门，却传闻庞尚鹏到月港办事去了，而胡守仁将军已经调到蓟门，把陆云龙和王冲的棺木拜托给巡抚衙门，请他们帮手运往都城，三人决定到漳州去找庞尚鹏。