公元1096～1144年间叙利亚和巴勒斯坦大部分属地前后被塞尔柱王朝和十字军占据。公元1071年，诺曼人占据西西里岛，并蚕食了非洲大陆一些地盘。十字军入侵埃及后，西亚赞吉王朝素丹**丁应法蒂玛王朝末代哈里发阿迪德之请，派部将希尔库及其侄子萨拉丁率军往援。公元1171年萨拉丁颠覆法蒂玛王朝哈里发阿迪德(公元1160～1171)，自主为苏丹，灭法蒂玛王朝，建立阿尤布王朝，今后在埃及规复了伊斯兰教逊尼派职位。
王朝建立
在宗教上，伊斯兰教获得进一步传播和生长。王朝在各地修建了大量清真寺，均附设宗讲授校，派出布道师和法官到各地传播什叶派教义、教法，主持宗教事件，哈里发命令在各地清真寺聚礼日为阿里和哈里发祝贺，并严禁喝酒、音乐和文娱，在经、训研讨上，夸大其隐义，并按什叶派观点阐佛教义和教法，构成巴颓尼叶派(内学派)，在王朝末期从伊斯玛仪派平分化出阿萨辛派。对基督教及其他异教徒多采纳宽大政策。
赛义德（公元909～934在位）即位后，在政治上与巴格达的阿拔斯王朝相对抗。在宗教上，奉什叶派伊斯玛仪派为国教，在聚礼日祷告词中为阿里和哈里发祝贺，遂成为伊斯玛仪派的宗教魁首。赛义德东征西战，对内弹压艾布・阿卜杜拉的背叛，对外将版图扩大至阿尔及利亚、摩洛哥、利比亚及西西里岛，为法蒂玛王朝奠定了根本。公元934年赛义德殁后，其继任者仍推行向外扩大政策。
第四代哈里发穆仪兹(952～975在位)在朝前期，派昭海尔・绥基利(jawharal－siqilli?～992)率海陆军多次策动西征，公元967年清除了科尔多瓦后伍麦叶王朝在马格里布的影响。公元968年，昭海尔率10万雄师东征埃及。公元969年，昭海尔占据埃及伊赫什德王朝都城弗斯塔特，遣其副将进占原属伊赫什德王朝的国土叙利亚、巴勒斯坦和希贾兹，随将之并入法蒂玛王朝版图。公元970～972年穆仪兹在弗斯塔特北郊修建新都开罗。公元973年哈里发穆仪兹迁都于此。公元972年修建最大的清真寺爱资哈尔大礼拜寺。厥后兼并麦加和麦地那。王朝统治中间遂转到埃及。在第五代哈里发阿齐兹（公元975～996）统治期间，国势极盛，成为版图高出亚非两大洲的强大伊斯兰国度，同巴格达的阿拔斯王朝和西班牙后伍麦叶王朝构成鼎足之势。
11世纪前期，法蒂玛王朝开端式微，大权落于亚美尼亚甲士白德尔・哲马利手中。公元1094年，穆斯坦绥尔死，白德尔之子麦列克・艾弗德勒立其季子穆斯台阿里。其**廷政变频繁，甲士擅政，幼主频立，国度把握的地盘日趋缩小，财务支出宽裕。王朝军政大权落入大臣和马穆鲁克禁卫军军官手中。军队统帅节制国度大权，官制生长为世袭制，哈里发处于被庇护的职位。各地总督盘据，税收锐减，国库空虚。伊斯玛仪派内部分裂，波斯、伊拉克和中亚地区的伊斯玛仪派断绝与法蒂玛王朝的联络。突尼斯和阿尔及利亚接踵离开王朝节制。
公元996年，阿齐兹归天，其子艾卜・阿里・曼苏尔・哈基木（公元996―1021年）以十一岁继位。他在位期间杀大臣，毁圣陵教堂等基督教堂，轻视基督徒和犹太人。厥后，哈基木自称真主化身，一个新教派奉之，即为德鲁兹教派，此派尚行于黎巴嫩。
公元1021年，哈基木被暗害，其子扎希尔继位（公元1021―1035年）年十六。与东罗马天子君士坦丁八世约，罗马天子许以东罗马境内各清真寺中提念哈里发名字，许重修君士坦丁堡清真寺，而哈里发许重修圣陵教堂。