嘉靖九年（1530年），巡抚都御使胡琏议移巡海道驻漳州府，在月港对岸的海沧（今厦门市海沧区）设立海防机构——安边馆，每年委任通判一员驻守，以弹压私运活动。
嘉靖二十八年，有倭寇驾船扬航直抵月港安边馆，懦夫陈孔志授檄往援，乘巨舰首当其冲，横舰于海面阻击，最后被倭船火炮击中。倭寇也是以调转船头逃遁而去，月港倭患自此开端。
嘉靖二十六年，佛郎机番船泊于浯屿水寨，巡海道柯乔、知府卢璧、龙溪知县林松出兵攻船，不克。时漳州、泉州辄往月港贸易，官军通贩更甚。总督闽浙都御史朱纨厉行海禁，捕获擅自出海通贩贩子九十余人，由巡海道柯乔、都司卢镗当场问斩。由此，佛郎机番船才不得以驶离福建本地。
1425年，在位仅一年的朱高炽病故，传位给朱瞻，史称明宣宗，改年号宣德。明宣宗在位的十年间至明英宗幼年即位，朝中有杨溥、杨士奇、杨荣主持政局，史称“三杨”。当时可谓是“海内清平，万邦来朝”。1442年后，寺人王振开端擅权，1449年产生震惊天下的土木堡之变。明英宗的弟弟景泰帝判定任用于谦击败瓦剌，获得北京保卫战的胜利。后又经历景泰、天顺两朝的运营规复，国力有所上升，到明朝中叶孝宗期间再次大治，此时政治腐败，民生安康，对外复立哈密等卫，汗青上称为“弘治复兴”。
燕王朱棣本就不平这个乳臭未干的小天子，在他的心中早也已经有了称帝之念。这时，作为幕僚的姚广孝给朱棣献策，建议以“清君侧”的名义，举“靖难”的灯号，带领八百府兵策动了汗青上闻名的“靖难之役”，一起势如破竹直到占据了南京。
永乐五年，朱棣下诏在北京修建宫殿。永乐七年朱棣御驾巡幸北京，在北京设立六部与都察院，并在北京为去世的徐皇后设立陵寝。颠末十几年的运营，北京开端获得了繁华，并于永乐十九年正式迁都。
1424年朱棣驾崩，由大儿子朱高炽继位，史称仁宗天子。朱高炽即位后，改年号洪熙，开端了一系列鼎新，这些鼎新都与朱棣在位时的政策手腕背道而驰。起首，朱高炽赦免了建文帝旧臣和永乐时遭连坐放逐边疆的官员家眷，并答应他们返回原处，并规复一些大臣的官爵。其次，遵守明太祖朱元璋在位时“片板不得入海”的旨意，不但制止官方擅自出海，同时也制止官船出使东西洋。
嘉靖二十七年（1548年），巡海道柯乔奏议设县治于月港。但因为月港海岸盘曲蜿蜒，港汊交叉一时未受倭患涉及，导致设县打算搁置。
本来有所放宽的海禁政策再次被明廷严行制止，以海为生的本地住民不得不挑选“私运”的情势冒险出海。当时的月港地处九龙江下流的江海汇合之处，其港道由龙溪县城8、九都地的月溪之滨肇端，沿南港逆流往东，颠末海门岛航至九龙江口的圭屿，然后再经嘉禾屿（今厦门）便可出外海。再加上月港僻处海阪，俗如化外，朝廷催促莫及，官府管束松弛，如许的天时之便成为了本地住民停止“私运”的首选海港。
期间，跟着外洋贸易的不竭繁华，月港已然成为了官方“私通”外洋、“私贩”番货的贸易商港而被明朝当局所正视。到正德年间，明王朝再次呈现了中衰迹象，直到嘉靖初期时，朱厚熜重新推行新政，政治及国力才一度有所规复。但因嘉靖末年，君臣冲突凸起，社会各种冲突萌发，本地倭患几次产生……
公元1398年，大明建国天子朱元璋病逝，皇太孙朱允炆秉承大统，改年号建文。建文帝即位以后，立即与亲信大臣齐泰、黄子澄等人暗害削藩。周王、代王、齐王、湘王、岷王等前后或被废为庶人，或被诛杀，同时又以边防为名调离了燕王的精兵，筹办削除燕王。