这时，曾国藩忙于摆设补葺城垣，重修满城，并亲身监督江南贡院的修复。贡院完工的那天，曾国藩聘请金陵城内城外百多位德高望重的读书人，来到位于秦淮河边贡院街上的贡院旧址边。这些读书人中，有汪曾甫、钱密之等十报酬宋学夙儒，在江南素有三圣七贤之称，曾国藩对他们非常礼遇。大师见偌大的江南贡院，除至公堂、衡鉴堂、明远楼未受大的破坏外，其他如监临、主考、房官、提调、监试各屋，誊写、对读、弥封、供应各所片瓦不见，一万六千间号房板荡然无存，这些耆儒们对此惨景莫不哀叹不已。曾国藩对他们说，不督工程量多大，都要抢在十一月前把贡院修好，不但停止本届乡试，还要补行戊午、辛酉、壬戌三科，都在本年一并登科，并增建号舍四千间，达两万整数。又考虑皖北尚在捻军节制之下，其招考秀才不能前来江宁，特为安徽省留下四成名额。
现在，曾国藩终究明白了，霸占金陵后所遭受的统统不镇静之事，如富明阿的暗访，三御史的参劾以及沸腾人丁的物议，很能够都是西太后这条线上生的事。是不是西太后惊骇恭王操纵湘军这支军队，作为今后重演辛酉政变的东西？抑或是西太后讨厌恭王过于重用汉人，使湘军坐大，成为满人江山的最大隐患？不管如何，恭王的被免除，在曾国藩看来，是这十余年间所遭到的打击中最为致命的一次。
曾国藩忧愁地说："自同治元年来，军机处收回的文件，向来没有呈现过如许的事，即便恭王抱病期间，'议政王'三字亦冠在前，此次若不是有存亡大变，则必然有非常大事。""事情来得俄然。"赵烈文深思着说，"不过卑职早就听人说，蔡寿祺的那份劾折，原不是冲着中堂、九帅和其他湘军统帅来的，锋芒指的是恭王，说恭王是湘军的靠背山、庇护伞。""这话我也传闻过。"杨国栋说。