1897年，袁世凯擢升直隶按察使，仍主持小站练兵。1898年9月，袁世凯升任工部右侍郎，奉旨入京陛见，随后卷入了政治风暴中。那光阴绪帝重用康有为、梁启超、谭嗣划一维新派实施戊戌变法，与慈禧太后为首的固执派（后党）势成水火。康有为等维新派（帝党）从一开端就寄但愿于袁世凯，在7月尾就派徐仁录前去小站联络袁世凯，摸索其态度。康有为判定袁世凯“为我所动”，乃保举袁世凯为侍郎。26］9月18日（农历八月初三。康有为等人获得光绪帝“朕位且不能保“的密诏，深感局势紧急，因而铤而走险，决定包抄颐和园，节制居住此中的慈禧太后，并杀死慈禧宠臣直隶总督荣禄，而这一任务则被维新派拜托在袁世凯身上。当天夜晚，谭嗣同进入袁世凯居住的法华寺，将“围园劫太后”的诡计奉告袁世凯，并勒迫袁世凯动员新建陆军来实施维新派的打算，袁世凯不得已承诺了维新派的要求，打发走了谭嗣同。9月20日（八月初五）上午袁世凯遭到光绪帝召见，同日乘火车到天津。9月21日（八月初六）晨，慈禧太后从颐和园入紫禁城，宣布临朝训政，罢斥康有为等维新派，戊戌变法遂告失利，史称“戊戌政变”。以往普通以为，袁世凯回到天津后茂发禄告发导致了慈禧策动政变，但并不失实。慈禧策动政变与袁世凯告发没有干系，但是袁世凯确切有告发之举。他来到天津后，已从后党御史杨崇伊那边得知慈禧即将下台的谍报，惊骇谭嗣同劝其出兵围攻慈禧太后一事透露，连累本身，遂茂发禄告发，使慈禧得知维新派的诡计，减轻了政变的结果。以是在戊戌政变开初，慈禧太后只是斥责康为“莠言乱政”，停职待参，并未言及谭嗣划一人；而袁世凯告发导致的成果便是慈禧。
1884年金玉均等“野蛮党”人士策动甲申政变，试图颠覆“事大党”把持的政权，驻朝日军亦趁机行动欲挟制王室；国王李熙派人奔赴清营乞助，袁世凯批示清军击退日军，维系清廷在朝鲜的宗主权及其他特权。袁世凯安定了朝鲜甲申政变有严峻意义，打退了日本的渗入权势，粉碎了日本趁中法战役之际谋取朝鲜的诡计，推迟了中日战役发作的时候。袁世凯因这一事件遭到清直隶总督兼北洋大臣李鸿章的正视，同时也使日本人对袁世凯“憾之砭骨，百计排陷之”［15。他的同僚吴兆有等亦非常妒忌，进犯袁世凯“妄开边衅”、“擅挪军款”。袁世凯遂于1885年初返国，赋闲在家，以避进犯。但是李鸿章决定重用袁世凯，命袁世凯于1885年10月护送大院君回朝鲜，同年11月又封年仅26岁的袁世凯为“驻扎朝鲜总理谈判互市事件大臣”，位同三品道员，摆布朝鲜政局，仿佛朝鲜的太上皇。袁世凯在朝鲜期间的任务是在“各国互市”、“盟国环伺”的环境下，使朝鲜“明尊亲之义，定摇惑之志，内修政治，外联邦交”［16。换言之即强化清朝和朝鲜的宗藩干系，制止朝鲜独立自主的偏向和日俄等国的窥测。由此袁世凯不成制止地在干与朝鲜内政，乃至不止一次策划废黜朝鲜国王李熙。17］袁世凯干与朝鲜内政的做法引发了朝鲜国王和一些大臣的不满，清廷中也不竭有人弹劾他。比如1888年1月朝鲜国王李熙致函要求清廷撤袁世凯，随后朝鲜驻华官员金明圭奉李熙之命，要求李鸿章换人。清廷内的张謇、张佩纶等也曾进犯袁世凯“侈然高傲，虚骄尚气，久留朝鲜，于大局无益”。18］李鸿章力排众议，不但让袁世凯持续留朝任职，并于1890年2月给袁世凯写了“血性虔诚，才识英敏，力持大局，独为其难”的考语。19］袁世凯在朝鲜的十二年固然因为其年青气盛而采纳一些过激、卤莽的手腕，但有效地停止了日本和沙俄对朝鲜的渗入。直到甲午年日本挑起战役前还曾经多次派人暗害袁世凯，只不过没有胜利。