其他梁山老兄弟都是武将出身，三娘在天下设立了东西南北中五雄师区，卖力统领天下兵马，卖力戍边和保卫处所。其他梁山武将及田虎、方腊麾降落将都在五雄师区以内担负军职，其间就不一一赘述。总之三娘为跟从本身的一干老兄弟都安排好了，除了担负军职以外，三十六天罡正将都按军功封了侯爵或伯爵之位，其他将佐或封男爵、子爵，都有爵位封赏。
枢密院下设六部，与宋制不异，也普通的是吏部、工部、户部、礼部、刑部、兵部。每部尚书改成一员，每部侍郎改成六人，每部配属簿书、文吏、算官多少。
扈元朝将处所行政体系也做了窜改，将宋朝的一起行政单位改成行省，比如山东路改成山东行省，三娘还是风俗用行省分别处所行政地区，而没有相沿宋朝的甚么一起军州。行省之下便是府，府之下是州，州之下是县，县之下是乡，乡之下便是村。三娘在处所管治上一改前朝通病，那便是县以下便没有很好的管治，多是乡民自治。扈元朝在县之下还设了乡和村两级单位，乡长和村长普通也是由村民本身推举，不过朝廷插手了监察和政绩考核，同时也给朝廷俸禄，对县以下更小的处所行政也有效管治了起来。
枢密院内还设参谋部、谍报司、水兵部三个关键部分。参谋部便是枢密院评价周边诸国气力，推演与假想敌作战方略，制定各种作战打算，编练天下军马之地。谍报司顾名思义便是汇集谍报的处所，谍报司是侧重军事谍报汇集，处于明面上的谍报机构，而锦衣卫始终是三娘亲身掌管的大内幕报机构，二者互不堆叠。水兵部便是掌管天下水兵的部分，编练天下水兵、内河水军，沿岸、沿河防务都属这个部分。
水兵部以李俊为首，旗下辖四大水兵舰队并长江、黄河两大南北水系内河水军。四大舰队便是北海舰队、南海舰队、东海舰队以及远洋舰队，别离以阮小2、阮小5、阮小7、张顺为提督，总领四大舰队，“赤须龙”费保、“卷毛虎”倪云、“瘦脸熊”狄成、“太湖蛟”卜青四人分为四大舰队副提督。另有张横为内河海军总提督，童威童猛两兄弟别离为南北海军提督。
定下国号与都城以后，三娘改年号为宣武，以次年为宣武元年，册封鲁王世子扈宗明为太子。改宋朝官制，建立元朝官制，正式建立中书省总理政务，以太子扈宗明为中书令，而后中书令均由元朝皇太子兼领，定为虚衔。中书省长官，中书令以下，设左、右丞相为实任的宰相，以宗泽为左相，宿元景为右相。下设平章政事四员、摆布丞各一员、参知政事两员为副相，以李纲、黄裳、汪藻、杨时为平章政事，黄文炳为左丞，娄敏中为右丞，闻焕章、高俅为参知政事。
而兵部此次官制变动最惹人谛视标就是兵部之下设立的兵甲司和后勤司，这两个司部承担的职责便是把各军统军将领手中的权力剥了过来，赋税甲器一应军中所需此后由户部这两个司承担，就不再是一军将领掌控全军的赋税甲器了。这也是三娘早早的把制止部下将领坐大的手腕使了出来，只要节制住一军的赋税甲器命脉，再强的将领也不能掀起甚么风波来，这也意味着三娘对天下军队的节制更加松散了，此后军队便是国度的军队而不是哪一个将领的军队了。
礼部承担的职司不便，还是礼乐之事、科举之事和涉外之事，三娘特别减轻了理藩院的职责，并规定此后前来朝拜的藩属之国，在行礼之时，定是要公允买卖，三娘可不是那些抱着天朝上国的思惟，别国进贡一些土特产，然后天朝上国为了面子题目，就赐下一些丝绸、茶叶、瓷器等等，每次朝贡行礼都是亏蚀的。