扈岚得承帝位，诏命群臣，建号大元，定都燕京为中京，仿宋例定五京，以会宁府为北京，开封为南京，山东济州府本身起家之地为东京，山西太原府为西京。三娘定五京，初次有关外州府为京，又将都城定在燕京，显现了她想要节制北地，完整断绝来自漠北游牧族的威胁。
而兵部此次官制变动最惹人谛视标就是兵部之下设立的兵甲司和后勤司，这两个司部承担的职责便是把各军统军将领手中的权力剥了过来，赋税甲器一应军中所需此后由户部这两个司承担，就不再是一军将领掌控全军的赋税甲器了。这也是三娘早早的把制止部下将领坐大的手腕使了出来，只要节制住一军的赋税甲器命脉，再强的将领也不能掀起甚么风波来，这也意味着三娘对天下军队的节制更加松散了，此后军队便是国度的军队而不是哪一个将领的军队了。
工部的职司除了之前的兴建水利、修桥铺路、营建屋宇、宫殿、城垣以外，三娘新设了火器司、船舶司、机器司三个司部。火器司就是卖力制造、研发各种火器、火炮、火药的司部，该司部早在山东路时就存在，当时的山东路的工匠们都被集合到一起，专门补葺火器和配制火药，现在只是正式挂牌罢了。船舶司也是在山东路时就有，卖力办理船只、制作船只。同时船舶司还要该管内河航运来往的各种船舶，也算是江海事局的前身。机器司卖力的事也很多，从矿产勘察到开采、冶炼，以及各种机器的制造等等。
同时三娘还设立了御史监察台，卖力监察天下官吏，设立了宗正府办理宗室以及各级爵位的公侯们，设立宣政院办理天下教义，设立了宣慰司卖力办理少数民族事件。而公孙胜、鲁智深、武松等削发人多被封了护国真人、国师等职位，便在宣政院内任职。
户部主管天下赋税、人丁口数、农田地盘数量、各军甲器、各种牲口数量等，总之户部不但承担了后代统计局的差事，还兼着渔业部和农业部的差事。本来三娘想要一次性把后勤部和农业部伶仃剥离出来，但总感觉一下子搞出八部来也过分烦琐，还是精简些机构较好，是以在户部下设了渔业司和农林司。
枢密院内还设参谋部、谍报司、水兵部三个关键部分。参谋部便是枢密院评价周边诸国气力，推演与假想敌作战方略，制定各种作战打算，编练天下军马之地。谍报司顾名思义便是汇集谍报的处所，谍报司是侧重军事谍报汇集，处于明面上的谍报机构，而锦衣卫始终是三娘亲身掌管的大内幕报机构，二者互不堆叠。水兵部便是掌管天下水兵的部分，编练天下水兵、内河水军，沿岸、沿河防务都属这个部分。
军事上，三娘保存了枢密院，设枢密使正副各一人，以种师中为枢密使，卢俊义为枢密副使，种师中年龄已高，实在枢密院的实权都在卢俊义手中。再设枢密院同治六人，别离委以关胜、岳飞、林冲、王禀、王彦、呼延灼六人出任。枢密院在三娘的官制体系中更方向实际领军作战，自扈元朝建国以后，每遇战事都是枢密院内将领出征领军作战。
扈元朝将处所行政体系也做了窜改，将宋朝的一起行政单位改成行省，比如山东路改成山东行省，三娘还是风俗用行省分别处所行政地区，而没有相沿宋朝的甚么一起军州。行省之下便是府，府之下是州，州之下是县，县之下是乡，乡之下便是村。三娘在处所管治上一改前朝通病，那便是县以下便没有很好的管治，多是乡民自治。扈元朝在县之下还设了乡和村两级单位，乡长和村长普通也是由村民本身推举，不过朝廷插手了监察和政绩考核，同时也给朝廷俸禄，对县以下更小的处所行政也有效管治了起来。