玄门最高神灵“三清”别离是元始天尊，灵宝天尊和品德天尊。
4、多宝道人
小说《封神演义》中，把三清说成是鸿钧道祖的门徒，以太上老君（品德天尊）为长，元始天尊次之，通天教主（灵宝天尊）最小。乃是小说家言。
佛教界有说法以为横三世佛为同一佛，只是为了救渡众生，而化现为分歧化身。《如来渊源考》：“何谓弥陀曰无量寿，施药则无量寿，即药师如来之延寿。何谓弥陀?曰无量光，毗卢遮那佛则无量光也。故知诸佛同体异名，皆为众生善巧化现也。”
因而便上演了西游中如来所说的吞佛事件。如来从孔雀腹中出后，本欲杀之，众佛讨情，又考虑到他是准提前辈的人，打雀也要看仆人，因而将计就计给个面子，封了孔雀大明王菩萨，因而皆大欢乐。且安宁了民气，赚足了民望。所今厥后再无人反对了。
封神描述，接引准提来插手封神之战是为了收西方有缘之人，书中明言他们收了如孔宣等很多人。但有一人，他们并没有收去，就是多宝道人。在接引准提将来之前，老子已将多宝拿下，送入玄都。接引准提厥后才到，他们不知多宝这小我，书中也未写他们将多宝带走。可见，多宝道人并未跟从接引准提去西方。
3、玄门三清
纵三世佛：指畴昔佛燃灯佛，现在佛释迦牟尼佛，将来佛弥勒佛。
应身佛（又称化身佛，即释迦牟尼佛）指佛为超度众生、随缘应机而闪现的各种化身。
佛殿中三身佛的配置环境以下：中尊是法身佛毗卢遮那佛，左尊为报身佛卢舍那佛，右尊为应身佛释迦牟尼佛。
品德天尊，即太上老君，玄门天神、教主。为三清之第三位。又称“品德天尊”、“混元老君”、“出世天尊”、“太清大帝”等。在玄门宫观“三清殿”，其泥像居右位，手执扇子。相传其本相为老子。
法身佛（毗卢遮那佛）代表佛教真谛（佛法）凝集所成的佛身。
燃灯佛（别名“定光佛”、“锭光佛”等）在已畴昔的寂静劫为佛，是释迦牟尼佛之前的佛，曾在畴昔世预言释迦牟尼将来将成佛，是授记释迦牟尼佛之师。很多佛、菩萨都曾是燃灯佛弟子。
三世佛，是大乘佛教的首要崇拜工具，俗称“三宝佛”。按照印度哲学，时候和空间是混合的，是以三世佛分为以空间计算的“横三世佛”与以时候计算的“纵三世佛”。
三身，梵文trikāyāh，”即法身、报身、应身三种佛身，又叫自性身、受用身、窜改身。“身”除指体貌外，亦有“堆积”之义，即由憬悟和堆积功德而成绩佛体。由此含义而有三身、三十二应身、千百亿化身等说法，而以“三身”的说法影响最大，即所谓理法聚而为法身，智法聚而为报身，功德法聚而应身。因一佛具三身之功德机能，以是三身即一佛。
但书中明写多宝后入释成佛，可见是老君安排的。原书广成对战多宝时有诗，“一个是广成不老神仙体，一个是多宝西方拜释迦”，这个“拜”字作“作为，称作，授官”解释，如官拜大将军等。
这三位天尊，在玄门的较大宫殿中都有神像，叫“三清神像”。元始天尊居中，灵宝天尊居左，品德天尊居右。元始天尊左手虚拈，右手虚捧，意味六合未形，万物未生浑沌状况时的“无极”；灵宝天尊双手捧一半黑半白的圆形“阴阳镜”，意味从“无极”状况衍生出来的“太极”；品德天尊手拿一把画有阴阳镜的扇子，意味由“太极”分化出的六合“两仪”（或阴阳“两仪”）。合起来，恰是一幅玄门的宇宙图式，反应了玄门的宇宙观。