西汉有郡都尉，比二千石，治郡兵，备盗贼，据《后汉书?百官志》载：“建武六年（公元30年），省诸郡都尉，並职太守。”东汉以郡都尉并于太守，可见东汉太守不但听郡政，並且典郡兵了。以是东汉的太守又称“郡将”。但在边郡常常置都尉或属都城尉，且有分县，掌治其民，比于小郡。如和帝永元元年（公元89年），置西河，上郡属都城尉。十五年（公元105年）又置辽东西部都尉。安帝以西羌数犯三辅，复置右扶风都尉、京兆虎牙都尉。
顺帝时，中常侍王甫、曹节弄权，太尉段颎谗附佞幸。当时阳球为司隶校尉，奏请收执王甫和段颎，送洛阳狱，阳球亲身拷问。王甫父子皆死杖下，段颎他杀。李膺当司隶校尉，中常侍张让之弟张朔为野王县令，贪残无道，枉杀妊妇，闻膺到任，藏于张让室第合柱中，李膺亲率处置破柱取朔，即杀之于洛阳狱。当此之时，诸黄门常侍休沐（假日），不敢擅出宫。桓帝问其故，皆说怕李校尉。司隶校尉能列席中心的“廷议”，並且他的坐位在九卿之上。
司隶校尉属吏有处置史12人；都官处置，主察举百官犯法；功曹处置，主州部选署官吏及一应事件；别驾处置，凡校尉梭巡州部时，则奉引，并录众事；簿曹处置，主财谷簿书。如有军事，则置兵曹处置，掌兵事。别的，另有郡国处置，每郡国各1人，主催促文书，察举不法。皆由州自行辟除，通为百又有假左25人，主簿录中间事，省文书。门亭长掌州正门。门功曹书佐掌选用。《孝经》师主监试经。《月令》师主时节祠祀。律令师主平法律。簿曹书佐主簿书。每郡国各有典郡书佐1人，各主一郡文书，以郡吏补用，每年换一次。
郡国之下为县，皇后、公主食邑为邑，在少数民族聚居之地为道（“道”在西汉已有）。大县置令1人，千石，其次置长，四百石，小者置长，三百石。侯国的相，其官阶如县令或县长，皆掌治其民，惩恶惩恶，理讼狱，禁盗贼。秋冬各计其户口垦田、钱谷出入、盗贼多少，然后向所属的郡国汇报。
东汉划天下为十二州，每州置刺史1人，其都城所属之州，设司隶校尉1人。《后汉书?百官志》云：
东汉光武不任三公，权归刺史，有所劾奏，便加黜退，刺史权威愈重。其属吏皆有处置史，假佐，职员与司隶略同，但无都官处置，以功曹处置为治中处置。汉灵帝中平五年（公元188年），又改刺史为州牧。自此今后，刺史就由中心调派的观察官，一变而为处所行政官。东汉的处所行政，也由郡县的二级制，一变而为州、郡、县三级制了。
《后汉书?宣秉传》云：光武特诏御史中丞（宣秉）与司隶校尉、尚书令会同並专席而坐，故京师号曰“三独坐”。
亭之下为里，里置里魁，掌一里百家。里之下为什，什有什长，主十家事。什之下有伍，伍有伍长，主五家以相查察；民有善恶，以告监官。伍之下就是最基层的群众大众。
州（郡）官
在县令、长之下，置县丞1人；县尉，大县2人，小县1人。丞主文书，典管仓狱，尉主盗贼，秩四百石至二百石，是为长吏。百石以下，有斗食佐史之秩，是为少吏。诸曹掾、史，大抵如郡掾。皆有主簿、功曹、狱掾，有县三老，掌教养。