驻守在龙江的朱棣，突见奉天殿方向起火，赶快率军入宫，魏国公徐辉祖率军抵当，徐辉祖不敌，败下阵来。徐辉祖痛哭流涕：“太祖天子，江山就要易主了，臣故意抗燕，却已有力回天，臣对不起太祖天子。”徐辉祖哭罢，单独一人去了父祠，直至朱棣即位为帝，徐辉祖都在父祠当中不肯出来谒拜朱棣，朱棣一怒之下将徐辉祖关押在了天牢，幸有令仪为本身的长兄讨情，才令其返回私宅，得以善终。
眼睁睁地看着本身的亲人被砍下头颅，方孝孺声泪俱下。方孝孺的弟弟方孝友见兄长抽泣，开口劝道，“哥哥不必哀痛，父亲在时便常对你我说，人活活着，要‘仰不愧于天，俯不怍于人。’我方家世代贤能，忠君报国。现在满门忠烈，先祖足当含笑地府。”方孝孺扭头看着方孝友，眼泪倒是止不住，哽咽着说道：“殉身大明、尽忠陛下，我百死何憾？只是苦了你们。”方孝友微微一笑，对着方孝孺吟了一首绝命诗：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在其间。华表柱头千载后，旅魂还是到家山。”方孝孺听了方孝友的这首诗，闭上了双目，也吟了一首绝命诗：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发奋兮血泪交换，以此殉君兮抑又何求？鸣呼哀哉兮庶不我尤！”如此，千古忠臣方孝孺为建文帝尽忠，时年四十六岁，其十族被朱棣诛杀。
过了几日，宁王朱权率诸王及群臣劝谏朱棣：“国不成一日无君，建文帝受奸人勾引葬身火海，二位嫡出皇子又下落不明。诸王当中，只要燕王殿下春秋最长，声望最高。请殿下为大明江山社稷着想，即位为帝。”朱棣故作推委：“本王奉天靖难，只为断根君侧，待擒获黄子澄、齐泰等奸臣，本王便出兵而还。”诸王及群臣又再劝谏：“请殿下为大明江山社稷着想，殿下为太祖高天子与孝慈高皇后嫡子，理应挽大明于危难。请殿下先即位再除奸臣。”宁王朱权及群臣苦苦劝进四天，朱棣终究承诺即位为帝，随即派人到北平接来了燕王府中的亲眷。
既要即位称帝，就需求一名能服众的人来为朱棣草拟即位圣旨。方孝孺为当今大儒，名震天下，当然是草拟即位圣旨的首选人物，朱棣的即位圣旨如果能由方孝孺来草拟，那朱棣便在很大程度上博得了民气。因而朱棣请来了方孝孺草拟即位圣旨，朱棣毕恭毕敬地在大殿当中等着方孝孺，不料方孝孺却身着孝衣大哭着走上大殿。朱棣见状赶快走到方孝孺身前，笑着说道：“先生毋要自苦，本王只是效仿周公帮手成王。”方孝孺嘲笑一声，“现在成王安在？”“成王自焚而亡。”方孝孺又问：“怎不立成王之子？”“成王之子下落不明。”“嫡子不存，庶子还在。”“国赖长君。”“如何不立成王之弟？”朱棣有些不耐烦，“这是我皇家家事，不劳先生操心。”方孝孺狠狠盯着朱棣，泰然说道：“天下乃是太祖的天下，我身为大明臣子，就要顺从太祖遗训。”朱棣厉声叮咛侍从：“拿纸笔来，让方先生草诏。”方孝孺接过笔来，看着朱棣又是嘲笑一声，便奋笔疾书，书毕，将纸张交予朱棣，朱棣接过一看，上书：“燕贼篡位。”朱棣大怒，把纸张撕得粉碎。方孝孺指着朱棣骂道：“你这狗彘不若的谋逆乱臣，就算你登上皇位又如何？你必定永久受人唾骂。”气得浑身颤栗的朱棣指着方孝孺，“你若不草诏，本王便诛你九族？”方孝孺仰天大笑：“燕贼篡帝位，不得善终，忠臣死国难，虽死犹荣。戋戋燕贼，诛我九族何所惧？便诛十族又何如？”朱棣火冒三丈，大喊道：“好，本王成全你，诛方孝孺十族，聚宝门行刑。”方孝孺咬着牙齿骂道：“燕贼！燕贼！你永久是谋逆的燕贼，世世代代受人唾骂的篡位燕贼。”朱棣大喊道：“方孝孺九族及门放门生不得一人保存。”