封赏了功臣，朱棣命寺人们将几个箱子抬到了龙椅前，众朝臣看着箱子不知以是，朱棣看了看箱子，又扫视了一番满朝的文武，说道：“建文主政这几年，你们上了很多奏疏，事涉兵农、钱谷的，朕都留下来了。这些箱子里装的是你们言语轻侮朕的奏疏，是朕‘奉天靖难’这几年间，你们弹劾朕，为建文出运营策讨伐朕的奏疏，你们大家有份。”
有了即位圣旨，朱棣废黜了建文年号，于洪武三十五年六月十七，即位称帝。因为奉天殿被焚毁，尚未补葺结束，朱棣的即位大典便在奉天门停止。文武百官齐在奉天门跪听即位圣旨：“诏曰：昔我皇父太祖高天子，龙飞淮甸，汛扫区宇，东抵虞渊，西谕昆仑，南跨南交，北际潮海……朕乃整师入京，秋毫无犯，诸王大臣谓朕太祖之嫡，应天顺人，天位不成以久虚，神器不成以无主，上章劝进，朕拒之再三，爰乃俯徇与情，已于六月十七日即天子位，大礼既成，统统合行庶政，并宜兼举。本年仍以洪武三十五年为纪，其改来岁为永乐元年……於戏！文帝入汉，尚资恭俭之风，武王绍周，愿广至仁之化。书记天下，其体朕怀。”待宣诏官将圣旨宣读结束，仪卫官将圣旨放在了托盘之上，护送圣旨出午门、端门，直至承天门，在乐声当中，那圣旨被奉上了承天门的城楼。礼部官员将圣旨接在手中，印制送往天下各地。燕王朱棣靖难三年，终究登上了他胡想的天子宝座，改明岁为永乐。
纪纲向朱棣禀报了高贤宁不降一事，朱棣一声嘲笑，“他定是骂朕是燕贼，说朕篡位。”纪纲上前两步，“陛下，高贤宁并无对陛下不满之言，只是说食朝廷俸禄多年，不成负义。陛下何不饶他一命，成全了陛下惜才宽和的隽誉？”朱棣思考了一会，长叹了一口气，“高贤宁偶然令，只是如此良才不得为朕所用，可惜了。朕恭敬此人才学与时令，也好，让他回籍吧。”纪纲大喜，谢过朱棣后便跑到天牢开释了高贤宁。
高贤宁见纪纲来到天牢，站起家来。纪纲翻开铁锁，疾步走到高贤宁身边，说道：“贤弟，还记得你我同窗之谊，当年我家中变故，还是你与我些财帛，助我到北平寻亲。现在我实不忍你沦为阶下之囚、刀下之鬼。当今陛下文韬武略，定为治国圣君，刚好他赏识你的才学，欲加官于你，不如你领了陛下之命，他日你我共享繁华如何？”高贤宁看了看纪纲，说道：“你的美意我心领了。可我食朝庭俸禄多年，怎能负义投降？若降了那篡位的燕贼，岂不屈辱了先生对我的教诲？不要再说了，你我多年至好，我的脾气，你最体味。”纪纲的确体味高贤宁此人，他晓得高贤宁如此一说便是宁死不降了，因而纪纲说道：“既如此，纪纲也不能健忘你我多年情分，更不能健忘昔日你助我之谊，纪纲尽尽力保你性命。”说完纪纲便转成分开了。
因而朱棣与朱橚将碽妃的画像挂在墙上，二人对着那画像跪倒在地，朱棣说道：“母妃，儿臣本日即位了，这天下都是我们母子的了。朕看谁还敢言碽妃卑贱？朕会将母妃的牌位放在太祖陵的享殿中，并且定是排在众妃之首。”说到此处，朱棣心中出现了一丝哀伤，持续说道：“可这何故酬谢母妃的恩典？朕对天下人说，朕的生母是......”正在此时，马煜在门外喊道：“陛下，礼部的官员在奉天殿候着，要与陛下商讨明平常朝之礼。”朱棣站起家来，“马煜，你出去。”马煜推开门，走到朱棣身前，朱棣开口叮咛道：“将寝宫喈凤宫重新憩息一番，着袁公公将这喈凤宫就遵循朕年幼之时的模样装潢。派专人打扫与扼守，没有朕的旨意，旁人不得入内，违令者斩。”马煜应道：“老奴遵旨。”朱棣拉起跪在地上的朱橚，说道：“四哥去奉天殿了，彻夜你还住在这喈凤宫中，这是咱俩长大的处所。”朱橚点着头，恭送朱棣，朱棣拍拍朱橚的肩膀转成分开了。