三年(678)正月，唐高宗射中书令李敬玄兼鄯州(今青海乐都)都督，代刘仁轨于洮河镇守，又于关内、河东募兵击吐蕃。时王孝杰为副总管，
刘仁愿回到都城后。唐高宗问他，“你在百济的前后奏请。有条有理，文采飞扬。很合我的情意，你是个武将出身，何故能够如此才调出众”，刘仁愿据实答复，
唐军海军将日军的破船夹在当中，顺风放火，一时之间，烟焰涨天，海水皆赤，唐军箭发如雨，日军溃不成军，呛死淹死的数不堪数，
百济天下再度被唐军安定，构成了对高丽的夹攻之势。大功胜利，刘仁愿、孙仁师返国复命，刘仁轨则留下来镇守百济。
建功的机遇他们不会放过，不必思疑他们的忠心”，孙仁师承认了刘仁轨的设法，
当时，大唐海军7千余人，战船170艘，日军一万余人，战船1000多艘。大唐的战舰高大坚毅，制作精美，远非日本的破船能够比拟。
同时靺鞨兵也在新罗南境登岸，共同唐军的飓流行动，重拳之下，新罗军队遭到重创，国力大损，李谨行长驱直入，三战三捷，新罗国如同末日到临，心胆俱裂。
事情正如刘仁轨预感的那样。百济军队再度产生火并，扶余丰杀掉了扶余福信，成为百济军队名副实在的统帅，他晓得独木难支。就派人向日本和高丽别离讨援。高丽害怕大唐的威势，没敢出兵互助，
唐高宗赦免了新罗王，厥后，唐朝与新罗以平壤以南的大同江为界，规定了两边的鸿沟线，默许了新罗在朝鲜半岛上的职位。
统兵18万讨击契丹。唐军至东峡石谷遇敌，他率精锐士卒为前锋，冲出谷外，布方阵对敌。这时后军总管苏宏晖畏敌而逃，王孝杰落空后盾，
对峙本身的定见，在给唐高宗的上表中，他客观地阐发了敌我情势，以为只要死守百济，
固然一起凯歌，却未能攻陷平壤城。时价大雪寒天，气候卑劣，唐军决定班师返国，如许，留守百济府城的刘仁轨和刘仁愿就成了一起孤军，何去何从，他们也到了十字路口。
万岁登封元年(696)三月，任肃边道大总管，率副总管娄师德与吐蕃大将论钦陵、赞婆战于素罗汗山，唐军大败，被免官。同年(696)蒲月，契丹首级李尽忠、孙万荣叛唐，武则天诏王孝杰、白衣起为清边道总管，
唐高宗下诏给刘仁轨，要求他们顿时撤兵，要么渡海返国。要么到新罗休整。刘仁轨目光如炬，
日本则以为这是介入朝鲜半岛的大好机遇。派出精锐军队27000人，前去干预朝鲜半岛的局势。日军攻陷了新罗好几座都会，从海上直指百济旧地。
《国史异纂》上有一则逸闻，说了然刘仁轨当时的高贵名誉。当时，刘仁轨任左仆射，戴至德任右仆射，大师都尊敬刘仁轨而鄙夷戴至德。(未完待续。。)
刘仁轨故乡的百姓也感觉脸上有光，将刘仁轨的居住地称为“乐城乡三柱里”。
日军将领朴市田来津遭唐军围攻而死。周留城中的百济王子扶余忠胜、扶余忠志目睹局势已去，只得率众向唐军投降，百济王扶余丰下落不明，
他的宝剑成为唐军的战利品。这场范围庞大的海战深深震惊了日本天下，日本为制止大唐打击，在海内构筑了四道防备工事，而后的一千年里，
孤军深切，为敌所败，王孝杰坠谷而死，全军毁灭。武则天闻之，追赠其为夏官尚书，封耿国公。
多次与唐军作战。此次，刘仁轨决定派沙吒相如、黑齿常之去安定任存城，遭到孙仁师的果断反对，他表白了本身的态度，