唐军海军将日军的破船夹在当中，顺风放火，一时之间，烟焰涨天，海水皆赤，唐军箭发如雨，日军溃不成军，呛死淹死的数不堪数，
唐高宗当机立断，任命刘仁轨为检校带方州刺史，统领王文度的部下，征发新罗救兵前去救济。刘仁轨闻讯之下，喝彩雀跃，他口出对劲之言，
唐高宗下诏给刘仁轨，要求他们顿时撤兵，要么渡海返国。要么到新罗休整。刘仁轨目光如炬，
刘仁轨善解君心，揣摩圣意，上表陈述了唐军在百济的一系列困难，天子都言听计从，一一予以处理。今后，刘仁轨就成了唐高宗最信赖、最靠近的大臣之一。
事情正如刘仁轨预感的那样。百济军队再度产生火并，扶余丰杀掉了扶余福信，成为百济军队名副实在的统帅，他晓得独木难支。就派人向日本和高丽别离讨援。高丽害怕大唐的威势，没敢出兵互助，
百济天下再度被唐军安定，构成了对高丽的夹攻之势。大功胜利，刘仁愿、孙仁师返国复命，刘仁轨则留下来镇守百济。
到了唐高宗总章元年（公元668年）的夏季，高丽灭亡了，并入了大唐帝国的版图，唐朝在高丽旧地设置九都督府、四十二州、百县，由平壤的安东都护府统辖，以右威卫大将军薛仁贵为检校安东都护，
麟德二年（公元665年），唐高宗前去泰山封禅，刘仁轨带来了新罗、百济、耽罗、日本四国的使者。为大唐的祭奠活动增加了最大的荣光，唐高宗欢畅非常，晋升刘仁轨为大司宪。
建功的机遇他们不会放过，不必思疑他们的忠心”，孙仁师承认了刘仁轨的设法，
日军将领朴市田来津遭唐军围攻而死。周留城中的百济王子扶余忠胜、扶余忠志目睹局势已去，只得率众向唐军投降，百济王扶余丰下落不明，
大唐才气把朝鲜半岛的主动权抓在本技艺里。唐高宗被他压服了，身边的将士也被他压服了，大师同心同德，决计在朝鲜半岛大干一场。
为了让本身的步队更有号令力，他们派人前去日本，去迎回在那边做人质的王子扶余丰，日本想要保住在朝鲜半岛上的影响力，
从工部尚书刘审礼领军西行。玄月，唐军与吐蕃战于青海大非川，唐军败，
因为在蕃日久，熟谙其情。长命元年(692)，任武威军总管，与左武卫大将军阿史那忠节率兵讨击吐蕃，十月，光复龟兹、于阗、疏勒、碎叶等四镇，乃于龟兹置安西都护府，用汉兵3万人镇守。以军功拜左卫大将军。
“我信不过他们”，刘仁轨向他耐烦压服，“我看沙吒相如、黑齿常之都是忠勇有谋之人、戴德图报之士，晓得目前情势是顺我者昌、逆我者亡，
后又兼任检校太子左中护，封乐城县男。遵循普通常理。成为举足轻重的朝臣后，刘仁轨就有前提对谗谄过他的人停止秋后计帐。袁异式天然难逃一劫。
翌年，升夏官尚书，同凤阁鸾台三品，封清源男。延载元年(694)，出为瀚海道行军总管。证圣初年，又任朔方道总管，出将人相，显赫一时。
百济义兵首级沙吒相如、黑齿常之在唐军秋毫无犯的感化下，再度向唐军投降。在此之前，他们曾聚众呼应扶余福信，啸聚山林，
。唐朝等来了高丽内哄的千载良机，当然不肯错过，朝廷任命李勣为辽东道行军大总管，节制诸军，率领数道合击高丽国。
诡计反对唐军海军的打击，唐军与新罗军队联手反击，百济军队顿时一败涂地，“灭顶者万馀人”，道琛连失两栅