，抵挡不住唐军的乘胜追击，只得收缩战线，从百济府城撤围，率部退往任存城(在百济西部的任存山)￡♂，。
百济天下再度被唐军安定，构成了对高丽的夹攻之势。大功胜利，刘仁愿、孙仁师返国复命，刘仁轨则留下来镇守百济。
为了让本身的步队更有号令力，他们派人前去日本，去迎回在那边做人质的王子扶余丰，日本想要保住在朝鲜半岛上的影响力，
“这满是刘仁轨的手笔”，涓滴不肯掠人之美，唐高宗龙心大悦，给刘仁轨连升六级官阶，
孤军深切，为敌所败，王孝杰坠谷而死，全军毁灭。武则天闻之，追赠其为夏官尚书，封耿国公。
阿史那社尔平生功劳业彪柄，是个脾气中人，足以担负名将的称呼，干脆俺下一个名姑息写他好了。
《国史异纂》上有一则逸闻，说了然刘仁轨当时的高贵名誉。当时，刘仁轨任左仆射，戴至德任右仆射，大师都尊敬刘仁轨而鄙夷戴至德。(未完待续。。)
李敬玄按军不敢救，刘审礼与王孝杰被俘。吐蕃赞普墀都松赞见王孝杰，以其边幅与父相像而厚加还礼，得以免死归唐。武则天时，任右鹰扬卫将军。
对峙本身的定见，在给唐高宗的上表中，他客观地阐发了敌我情势，以为只要死守百济，
因为在蕃日久，熟谙其情。长命元年(692)，任武威军总管，与左武卫大将军阿史那忠节率兵讨击吐蕃，十月，光复龟兹、于阗、疏勒、碎叶等四镇，乃于龟兹置安西都护府，用汉兵3万人镇守。以军功拜左卫大将军。
翌年，升夏官尚书，同凤阁鸾台三品，封清源男。延载元年(694)，出为瀚海道行军总管。证圣初年，又任朔方道总管，出将人相，显赫一时。
大权独揽，将百济王扶余丰也视作无物，他“招诱亡叛。其势益张”。几近在同一期间，苏定方带领雄师东征高丽。
刘仁轨与刘仁愿合兵一处，鉴于唐甲士数较少，也临时停止了打击。此时，百济军队产生了内哄，扶余福信杀掉了和尚道琛，兼并了道琛的部众，
。唐朝等来了高丽内哄的千载良机，当然不肯错过，朝廷任命李勣为辽东道行军大总管，节制诸军，率领数道合击高丽国。
上元二年，刘仁轨当上了尚书左仆射，同中书门下三品仍旧，兼任太子来宾，仍然卖力监修国史。
多次与唐军作战。此次，刘仁轨决定派沙吒相如、黑齿常之去安定任存城，遭到孙仁师的果断反对，他表白了本身的态度，
再也没有向朝鲜半岛用过兵。日本向大唐派出了一批批遣唐使和留门生，不管大唐的衣冠服饰，还是大唐的典章轨制，十足照搬回家，通盘唐化使日本成了一个与唐朝辨别不出相互的国度。
因而唐军向黑齿常之所部发放粮食和兵器，并分兵互助，很快攻陷了任存城，迟受信抛妻弃子，狼狈逃窜，投奔了高丽，至此，
他们服从了刘仁轨的建议，擒贼先擒王，猛攻百济军队的老巢周留城，周留城岌岌可危，从速向日本军队求救，万余日军乘坐海船，达到白江口，筹办登岸驰援百济军队。
唐朝方面反应敏捷。征发淄、青、莱、海四州兵马7000人，由右威卫将军孙仁师带领，开赴熊津，与刘仁轨、刘仁愿所部会师，唐军气势益壮。
麟德二年（公元665年），唐高宗前去泰山封禅，刘仁轨带来了新罗、百济、耽罗、日本四国的使者。为大唐的祭奠活动增加了最大的荣光，唐高宗欢畅非常，晋升刘仁轨为大司宪。
统兵18万讨击契丹。唐军至东峡石谷遇敌，他率精锐士卒为前锋，冲出谷外，布方阵对敌。这时后军总管苏宏晖畏敌而逃，王孝杰落空后盾，