攻陷京都以后，北条氏将包含后鸟羽上皇在内的三位上皇放逐孤岛，并正法惩罚了参与讨幕的贵族与军人，充公这些人的领地达3000余处，将其划拨为幕府的直辖领地，作为恩赏赐给有功之臣，称为“新补低头”。为了能监控皇室的一举一动，北条义时将原京都的六波罗馆改成六波罗府，任命北条泰时为六波罗探题，其权力仅次于执权。
北条泰时之孙北条时赖担负“执权”后，持续其祖父的鼎新，1249年，为了进一步完美以执权为中间的政治体制，北条时赖设置了“引付众”之职。“引付众”的职责是帮手审理文书及司法裁判。为了加强北条氏的统治，北条时赖还拔除了名义上的将军之位，并按捺北条氏旁支的权势，将统统权力集合在北条嫡派家属――“得宗”手中，被称作“得宗独裁”的嫡宗子担当制由此建立。
花谢花开，缘去缘来。初创一代武家的源赖朝未曾想到，在本身百年以后，本身的继任者是如此的不争气，政权转刹时被别人盗取，而他更想不到的是，这“窃国悍贼”竟会是本身曾经非常信赖的老丈人。或许，这就是汗青本身的刻毒和无法。让人不由哀叹，在尔虞我诈的循环中，仿佛不存在永久的朋友，而只要永久的好处。
固然镰仓幕府仍然有将军之名，但此时的“将军”已经成了虚职，北条义时以“执权”的名义紧紧把控着镰仓幕府的实权，并世代秉承“执权”之职。在幕府将军继任题目上的抵触，导致幕府与皇室的对峙更减轻烈。励精图治、力求重新挽回皇族权力的后鸟羽上皇通过恩赐地盘的体例拉拢和拉拢了对北条氏不满的御家人，不竭强大本身的权势，他于1221年5月调集了北面、西面军人，并向各地军人公布了讨伐北条氏的院宣，正式举兵讨伐北条氏及其节制下的镰仓幕府。这年为承久三年，故而称为“承久之乱”。
1203年8月，北条时政废黜了源赖家，立源实朝为幕府将军，北条时政担负执权。不久，北条时政殛毙了源赖家，又欲废黜源实朝，被其女儿政子禁止。迫于压力，他引退于伊豆，其子北条义时继任执权之职。为了扩大本身的权力，北条义时杀死了侍所别当和田义盛，正式建立了北条氏的霸权。
1219年正月，北条义时暗害了源实朝，镰仓幕府的初创者源赖朝的正统血脉至此完整断绝，北条氏把握了幕府的最高权力。源氏血脉的断绝使擅权的北条义时面对将军无人继任的题目，为了安定本身篡夺的职位，北条义时但愿在皇族中遴选一人继任“征夷大将军”之位。但是今后鸟羽上皇为首的院厅回绝了北条义时的要求，因而北条义时率千骑人马入京，要求本身选定的皇族将军东下，院厅再次回绝了他的要求。北条义时只得改迎与源氏有血源干系的2岁的藤原赖经为将军。
北条时政原是伊豆国土豪，人称北条四郎。在源赖朝起兵时，他作为源赖朝的得力部将参与天下的安定，后将女儿政子嫁与源赖朝，获得他的极度信赖。镰仓幕府建立前任京都保护。
1224年，北条义时归天，北条泰时任幕府执权。北条泰时是一个很有作为的人，在他继任执权不久，便实施了一系列的鼎新。1125年，为了窜改执权一人专断的体制，北条泰时设置了帮助政务的“联署”一职，由其亲信族人担负。同时，为了均衡权力，北条泰时还设立了最高决策机构“评定众”，由11名精通政务的御家人构成，与执权、联署协商决定有关行政和司法的严峻事件。
“承久之乱”以后，皇室丧失了军权，皇位也由幕府一手操控，由此幕府逐步代替皇室站到了国度权力的中间位置。