1335年7月，即建武二年，北条氏旁支北条时行在信浓举兵，并很快攻陷镰仓，史称“中先代之乱”。8月初，足利尊氏未等天皇下诏，带领500名马队，分开京都，与其弟足利直义汇合，大破北条时行，夺回了镰仓。占有镰仓后，足利尊氏并没有返回京都，而是自称征夷大将军，向后醍醐天皇竖起了反旗，这让后醍醐天皇非常恼火。11月19日，天皇任命尊良亲王、新田义贞为正副征讨将军，讨伐足利尊氏。足利尊氏与其弟率军大败天皇的军队，其间，天皇方面也曾多次击败足利尊氏。1336年5月，足利尊氏进入京都，拥立光严天皇的同母胞弟丰仁亲王即位，是为光亮天皇。“建武复兴”由此宣布结束。
后醍醐天皇实施的新政，最首要的部分就是撤消威胁天皇权力的关白、摄政等职务，统统大权由天皇本人统辖，对皇室和大贵族的好正法力庇护，却对在颠覆镰仓幕府中立下军功的军人的好处不闻不问，这类做法引发了各地军人的极度不满。而与此同时，规复天皇之位没多久的后醍醐天皇为了满足一己私欲，疏忽长年战乱给百姓带来的磨难，肆意增加税收，征发劳役，在京都大兴土木，呈现了“兵革以后，世局未稳，国费民苦”的乱象。后醍醐天皇的倒行逆施激起了农夫的不满，由此，后醍醐天皇逐步落空了军人和农夫对他的支撑。
1350年，足利尊氏与足利直义兵戎相见，足利直义投奔南朝，并于次年大败足利尊氏统领的北朝军队。尊氏派人乞降，足利直义杀死高师直，随后足利尊氏与足利直义联袂言和。第二年，足利尊氏与其子一同归顺了南朝。但是兄弟俩的敦睦局面并没有维系多久，不久，足利尊氏又与足利直义产生了抵触，1352年2月，足利尊氏毒死了本身的弟弟。足利直义虽死，但他养子足利直冬带领着斯波高经、桃井直常、石堂义房、山名时氏等旧足利直义派仍然与足利尊氏作战，前后数次占据过京都。
足利尊氏在起兵讨伐镰仓幕府之初，足利直义就一向帮手足利尊氏，足利尊氏也视足利直义为左膀右臂，对他极其正视。足利幕府建立后，足利尊氏的家臣高师直担负首要职位，深得尊氏信赖，备受恩宠，然后权柄越高，骄奢越重，部下部将非常不满，足利直义对此也深为仇恨，决计撤除高师直。
北朝的实际节制者足利尊氏在被光亮天皇正式任命为“征夷大将军”后重启武家政治，在京都建立了足利幕府。幕府建立不久，为了清算武家轨制，鼎新朝政，足利尊氏公布了武家法典《建武式目》。《建武式目》提出“居安思危”的观点，以为首要之责是“早休万人愁”，“政在安民”。在这一思惟的指导下，《建武式目》提出要制止豪侈，力行俭仆，不得纳贿贿赂；选用贤达之人担负处所官，并要求豪强不得兼并私宅，以减少停业流浪者；委任尽忠足利氏的有功、有才调的将领为各地保护。
1368年，年仅10岁的足利义满继任第三代幕府将军，由管领细川赖之任帮手。足利义满成年亲政后，显现出出色的统治与带领才气，前后安定了土岐赖康、山名氏清等处所保护的兵变，幕府统治得以进一步稳固。同时，颠末几次大的挞伐，南朝的权势完整阑珊。1392年，足利义满对南朝提出同一的号令，并顺利实现南北朝合体，胜利地结束长达60年的豆割状况。由此，足利义满在天下范围建立起幕府将军的绝对统治权，成为室町幕府最盛期的缔造者。
1339年8月16日，53岁的后醍醐天皇因病归天。相传他临死前，一手握着《法华经》，一手抚剑，还立下遗诏：“纵领玉骨已埋南山，灵魂亦当常望北阙。”是以，后醍醐天皇的陵墓也与普通的朝南座北的传统葬式不一样，而是朝北坐南安葬。后醍醐天皇身后没多久，跟随他的几个南朝闻名武将也接踵战死，南朝仿佛“气数已尽”，但是因为足利尊氏与其弟足利直义的内杠，南朝又残喘了50多年。