以胜利者姿势进入京都的足利尊氏很快囚禁了后醍醐天皇，同年11月，后醍醐天皇被迫将意味天皇权威的三神器交给光亮天皇，本身则被尊为上皇。但是后醍醐天皇并不甘心被人摆布，12月21日晚，他打扮成女性贵族，乘车逃离京都，在吉野建立了新的政权，并宣布交给光亮天皇的三神器为捏造品。自此构成了与京都皇室对峙的局面，日本汗青上的南北朝由此构成。
1368年，年仅10岁的足利义满继任第三代幕府将军，由管领细川赖之任帮手。足利义满成年亲政后，显现出出色的统治与带领才气，前后安定了土岐赖康、山名氏清等处所保护的兵变，幕府统治得以进一步稳固。同时，颠末几次大的挞伐，南朝的权势完整阑珊。1392年，足利义满对南朝提出同一的号令，并顺利实现南北朝合体，胜利地结束长达60年的豆割状况。由此，足利义满在天下范围建立起幕府将军的绝对统治权，成为室町幕府最盛期的缔造者。
足利尊氏在起兵讨伐镰仓幕府之初，足利直义就一向帮手足利尊氏，足利尊氏也视足利直义为左膀右臂，对他极其正视。足利幕府建立后，足利尊氏的家臣高师直担负首要职位，深得尊氏信赖，备受恩宠，然后权柄越高，骄奢越重，部下部将非常不满，足利直义对此也深为仇恨，决计撤除高师直。
后醍醐天皇实施的新政，最首要的部分就是撤消威胁天皇权力的关白、摄政等职务，统统大权由天皇本人统辖，对皇室和大贵族的好正法力庇护，却对在颠覆镰仓幕府中立下军功的军人的好处不闻不问，这类做法引发了各地军人的极度不满。而与此同时，规复天皇之位没多久的后醍醐天皇为了满足一己私欲，疏忽长年战乱给百姓带来的磨难，肆意增加税收，征发劳役，在京都大兴土木，呈现了“兵革以后，世局未稳，国费民苦”的乱象。后醍醐天皇的倒行逆施激起了农夫的不满，由此，后醍醐天皇逐步落空了军人和农夫对他的支撑。
1331年6月，在足利尊氏与处所豪族颠覆镰仓幕府的统治后，因多次运营倒幕行动而被北条氏放逐到隐歧岛的后醍醐天皇返回京都，拔除了由镰仓幕府搀扶的光严天皇，再次即位，重新掌控了朝政。1334年，后醍醐天皇改年号为“建武”，并实施了一系列的新政，史称“建武复兴”。
1349年，足利直义与高师直的斗争生长到了白热化阶段，高师直要求足利尊氏肃除足利直义的统统职务。足利尊氏承诺了高师直的要求，撤掉了其弟全数职务。而后，高师直更加娇纵，而足利尊氏与足利直义之间的干系也是以日趋严峻。
俗话说，堡垒最轻易从内部被攻破。这句话利用在镰仓幕府的灭亡上是再合适不过。1333年，镰仓幕府的御家人足利尊氏在各地反幕府的动乱中敏捷崛起，很快成为讨幕中坚，终究与各地豪强一起迫使北条氏一族全数他杀，镰仓幕府就此结束。当然，这时候意得志满的足利尊氏不会想到，近250年今后，本身的子孙也会被武将逼死，成为汗青的烟云。
此时的足利尊氏固然获得了天皇的赐名，但是并没有获得他梦寐以求的“征夷大将军”的名号，反倒遭到后醍醐天皇的各种限定，这让足利尊氏非常绝望。
1350年，足利尊氏与足利直义兵戎相见，足利直义投奔南朝，并于次年大败足利尊氏统领的北朝军队。尊氏派人乞降，足利直义杀死高师直，随后足利尊氏与足利直义联袂言和。第二年，足利尊氏与其子一同归顺了南朝。但是兄弟俩的敦睦局面并没有维系多久，不久，足利尊氏又与足利直义产生了抵触，1352年2月，足利尊氏毒死了本身的弟弟。足利直义虽死，但他养子足利直冬带领着斯波高经、桃井直常、石堂义房、山名时氏等旧足利直义派仍然与足利尊氏作战，前后数次占据过京都。