因为梅汝璈的据理力图，坐次题目获得体味决，但紧接着，梅汝璈又发明了一个题目，他看到在审判席前面，插在第一名的是美国国旗，而中国排在了第二位。梅汝璈立即向庭长韦布提出，中国国旗应当插在第一名。当韦布傲慢地扣问来由时，梅汝璈慷慨陈词道：“17年间，为抗击日本侵犯者，我国军民伤亡逾3500万人，击毙击伤日军达130多万，占日军在第二次天下大战诽谤亡总数的70%。究竟充分证明，中国恰是打败日本军国主义的主力。”
终究美国作出了让步，将国旗移到了中国国旗的前面。审判前最首要的事情是撰写告状书，但是在告状书里该以何年为被告犯法日期的起点这个题目上，各国法官又产生了严峻分歧，有人以为，肇端点应当从1941年12月7日，日军偷袭珍珠港算起，有人以为应当将1937年7月7日发作的“卢沟桥事件”算起，而梅汝璈提出，应以1928年1月1日日本制造“皇姑屯事件”为对日本战犯告状的肇端日。在一番会商后，远东国际军事法庭同意了梅汝璈的主张。
为了表达本身的态度，梅汝璈又愤然脱下了意味法官权力的玄色丝质法袍，回绝“彩排”，使得预演推迟了半个多小时。
1946年1月19日，按照1945年12月在莫斯科停止的有关对产生于亚太地区的大范围侵犯战役负有首要任务的日本战役罪犯停止审判的决定，远东盟军统帅部公布公告，决定设置由中国、苏联、美国、英国、法国、荷兰、菲律宾等11个国度构成的远东国际军事法庭。军事法庭庭长由澳大利亚法官韦布担负，查察长为美国状师基南。中国方面派出的法官是闻名法学家梅汝璈。
1946年5月3日，审判正式开端。远东国际军事法庭采取的是英美法系的对证制，共分为三个阶段：查察官综合陈述和提证；被告状师综合辩白和提证；被告小我辩白和提证。在这以后，就是法官的评断和宣布讯断。
1948年3月2日，法庭结束了全数辩论，11月12日，法庭宣读讯断，判处东条英机、广田弘毅、土肥原贤2、板垣征四郎、松井石根、武藤章、木村兵太郎绞刑，16人判处无期徒刑，东乡茂德判处20年徒刑，重光葵判处7年徒刑。东条英机等7人的绞刑于1948年12月22日履行。
开庭当日，构成军事法庭的11国的查察官向法庭提出告状书，被告原有28人，实际受审者为25人。告状书以粉碎战役罪、战役罪、违背人类罪控告被告自1928年1月1日至1945年9月2日期间犯下的罪过。在审判过程中，最令人感到不测的是中国末代天子溥仪以证人身份呈现在法庭上，这不但引发了全部日本的存眷，也引发了全天下的谛视。溥仪出庭8天，使大量被日本决计坦白的罪过和战役奥妙重见天日，而南京大搏斗幸存者在法庭的呈现，也让被告坦白究竟本相的诡计停业。
从1950年开端，盟军驻日本最高统帅麦克阿瑟为了拉拢日本，不顾天下各国的反对，将判刑的战役罪犯以各种来由连续开释出狱，有些人还重新走上了政坛。
看到这一环境后，梅汝璈历数了日军在中国大地犯下的累累罪过，比如日军在各地展开的“三光”政策，肆意搏斗手无寸铁的布衣，用活人做细菌实验等等。在梅汝璈的死力主张下，各国法官最后以投票的体例确认了极刑的合用。
1946年4月29日，梅汝璈达到东京后，作为克服国派出的法官，下榻于东京“帝国饭店”。审判将在5月3日正式开端，但在这之前，一个题目摆在了梅汝璈面前。在开庭预演时，庭长韦布宣布入场的挨次为美、英、中、苏、加、法、新、荷、印、菲，把中国法官的坐次排在了英国的前面，这让梅汝璈没法接管，作为同盟国中受日本侵犯最为深重，在反侵犯中进献又最大的克服国之一，梅汝璈对峙以为中国应当排在第二位，他指出：“如论小我之坐位，我本不在乎。但既然我们代表各自国度，我以为法庭坐次应当按日本投降时各受降国的具名挨次摆列才最公道。”