木叶忍者村俄然遭到九尾妖狐的攻击，第四代火影捐躯生命将妖狐封印到当时还是婴儿的鸣人身上。村人将鸣人当作妖狐的化身，对他冷眼相待，鸣报酬了获得大师的认同而不竭在村里搞恶作剧，以引发人们的重视。鸣人的目标是成为村庄里最巨大的忍者“火影”，让统统人认同他的存在。
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卡卡西因为劳累过分而住院，暗部的大和代替卡卡西带领卡卡西小组，新的成员佐井也插手了步队。他们操纵从蝎那边获得的谍报，前去六合桥探听有关佐助的动静。但佐井实际上倒是奉下属团藏的号令履行暗害佐助的极秘任务，本筹算履行任务的他在看到鸣人与佐助的拘束以后窜改了设法。鸣人等人终究在大蛇丸的按照地与佐助相逢，但佐助仍然不筹算转意转意，还是挑选和大蛇丸一起分开。而佐井则因为这一任务的契机成为了鸣人他们的火伴。
木叶忍者村因为大蛇丸的诡计而遭到极大的毁伤，就在此时，已经叛离木叶的宇智波鼬俄然现身。鼬是佐助的哥哥，曾经将一族的人们全数杀光而分开村庄，此次他与雾忍者村的干柿鬼鲛一同来到木叶，仿佛是以鸣人体内的九尾作为目标，并且是遭到名为“晓”的构造的号令。佐助得知鼬回到村庄，向鼬建议应战，但却遭到惨败。而后，自来也为了寻觅新任火影的候补人选纲手，同时也为了帮忙鸣人修行，而和鸣人一起外出寻觅纲手的下落。
在外修行了两年半的鸣人返来了。但此时的“晓”也开端蠢蠢欲动，已经成为砂忍者村风影的我爱罗被“晓”成员迪达拉和蝎掳走。鸣人和卡卡西小组为了救出我爱罗而前去砂忍者村，并找出了“晓”的按照地，但我爱罗已经被抽离尾兽而灭亡。气愤的鸣人不顾统统地追逐迪达拉，而小樱和砂忍者村的千代婆婆联手与蝎交兵，终究将蝎打倒。千代婆婆捐躯本身的生命，利用转生忍术将我爱罗重生，鸣人他们回到木叶忍者村。
鸣人在正式测验的第一场击败了人称天赋的日向宁次，向大师证了然本身的气力。但在测验半途，音忍和砂忍们开端向木叶忍者村策动进犯，测验也被迫中断。大蛇丸向第三代火影建议应战，在一场苦战过后，第三代火影战死，而大蛇丸也支出了落空两只手臂的代价，被迫撤退。鸣人则与砂忍者村派来的“兵器”我爱罗比武，并打败了我爱罗。
佐助因为鸣人气力的飞速生长而感到焦炙，这时大蛇丸的使者音忍四人众前来讲服他分开木叶前去音忍者村。佐助为了获得更强大的力量以向鼬复仇，而分开了村庄去找大蛇丸。鸣人、鹿丸等人结成五人小队前去追逐佐助，途中别离与音忍四人众以及随后赶到的君麻吕展开战役，期间获得了砂忍者村救兵的助力，好不轻易才将仇敌一一击败。鸣人追上了佐助，但佐助不筹算回到村庄，两人使出浑身解数展开苦战，最后鸣人还是功亏一篑，败在佐助部下而没能挽留佐助。以后鸣人回到村庄，筹算和自来也一同外出修行，以使本身变得更强。
大蛇丸找到纲手，但愿她能医治本身的双手，并提出能够让她再次见到她最正视的两人的前提。纲手为此踌躇不决，这时鸣人和自来也找到了她。纲手对继任火影一事心灰意冷，但她看到鸣报酬了成为火影的胡想而刻苦修行的模样，也逐步窜改了设法。以后纲手回绝了大蛇丸的要求，昔日的三忍展开狠恶的战役，鸣人也终究练成了自来也所传授的螺旋丸，打败了大蛇丸的侍从兜。最后大蛇丸被逼退，纲手跟从自来也和鸣人回到木叶，成为第五代火影。
鸣报酬了学得比螺旋丸更强的术而展开修行，此时“晓”的成员飞段和角都为了捕获九尾而入侵木叶，与第十班的成员交兵，阿斯玛在这一战中中了飞段的咒术而捐躯。为了替阿斯玛报仇，鹿丸等人结成新的小队，与卡卡西一道向飞段和角都应战。鹿丸应用过人的聪明打败了劲敌飞段，而鸣人也终究学成了新术“风遁・螺旋手里剑”，来到疆场援助，一击打倒了角都，赢得胜利。