卡卡西因为劳累过分而住院,暗部的大和代替卡卡西带领卡卡西小组,新的成员佐井也插手了步队。他们操纵从蝎那边获得的谍报,前去六合桥探听有关佐助的动静。但佐井实际上倒是奉下属团藏的号令履行暗害佐助的极秘任务,本筹算履行任务的他在看到鸣人与佐助的拘束以后窜改了设法。鸣人等人终究在大蛇丸的按照地与佐助相逢,但佐助仍然不筹算转意转意,还是挑选和大蛇丸一起分开。而佐井则因为这一任务的契机成为了鸣人他们的火伴。
鸣报酬了学得比螺旋丸更强的术而展开修行,此时“晓”的成员飞段和角都为了捕获九尾而入侵木叶,与第十班的成员交兵,阿斯玛在这一战中中了飞段的咒术而捐躯。为了替阿斯玛报仇,鹿丸等人结成新的小队,与卡卡西一道向飞段和角都应战。鹿丸应用过人的聪明打败了劲敌飞段,而鸣人也终究学成了新术“风遁・螺旋手里剑”,来到疆场援助,一击打倒了角都,赢得胜利。
卡卡西小组收到任务,庇护造桥专家达兹纳回到波之国。但在任务途中,他们遭到雾忍者村的叛忍桃地再不斩的进犯,这也成为了他们的第一次实战。世人在战役中各自都有所生长,也体味到了忍者天下的残暴性。
在外修行了两年半的鸣人返来了。但此时的“晓”也开端蠢蠢欲动,已经成为砂忍者村风影的我爱罗被“晓”成员迪达拉和蝎掳走。鸣人和卡卡西小组为了救出我爱罗而前去砂忍者村,并找出了“晓”的按照地,但我爱罗已经被抽离尾兽而灭亡。气愤的鸣人不顾统统地追逐迪达拉,而小樱和砂忍者村的千代婆婆联手与蝎交兵,终究将蝎打倒。千代婆婆捐躯本身的生命,利用转生忍术将我爱罗重生,鸣人他们回到木叶忍者村。