佐助因为鸣人气力的飞速生长而感到焦炙，这时大蛇丸的使者音忍四人众前来讲服他分开木叶前去音忍者村。佐助为了获得更强大的力量以向鼬复仇，而分开了村庄去找大蛇丸。鸣人、鹿丸等人结成五人小队前去追逐佐助，途中别离与音忍四人众以及随后赶到的君麻吕展开战役，期间获得了砂忍者村救兵的助力，好不轻易才将仇敌一一击败。鸣人追上了佐助，但佐助不筹算回到村庄，两人使出浑身解数展开苦战，最后鸣人还是功亏一篑，败在佐助部下而没能挽留佐助。以后鸣人回到村庄，筹算和自来也一同外出修行，以使本身变得更强。
此时佐助以为本身已经获得了超出大蛇丸的力量而俄然向大蛇丸发难，破解了他的转生忍术，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸本来的部下水月、香磷和重吾，四人构成名为“蛇”的小队，为了寻觅鼬而展开行动。在此期间，佐助与“晓”的迪达拉遭受并交兵，迪达拉败于佐助部下，为了证明本身的艺术而自爆，佐助却躲在了万蛇的体内而躲过一劫。迪达拉
木叶忍者村因为大蛇丸的诡计而遭到极大的毁伤，就在此时，已经叛离木叶的宇智波鼬俄然现身。鼬是佐助的哥哥，曾经将一族的人们全数杀光而分开村庄，此次他与雾忍者村的干柿鬼鲛一同来到木叶，仿佛是以鸣人体内的九尾作为目标，并且是遭到名为“晓”的构造的号令。佐助得知鼬回到村庄，向鼬建议应战，但却遭到惨败。而后，自来也为了寻觅新任火影的候补人选纲手，同时也为了帮忙鸣人修行，而和鸣人一起外出寻觅纲手的下落。
卡卡西因为劳累过分而住院，暗部的大和代替卡卡西带领卡卡西小组，新的成员佐井也插手了步队。他们操纵从蝎那边获得的谍报，前去六合桥探听有关佐助的动静。但佐井实际上倒是奉下属团藏的号令履行暗害佐助的极秘任务，本筹算履行任务的他在看到鸣人与佐助的拘束以后窜改了设法。鸣人等人终究在大蛇丸的按照地与佐助相逢，但佐助仍然不筹算转意转意，还是挑选和大蛇丸一起分开。而佐井则因为这一任务的契机成为了鸣人他们的火伴。
在外修行了两年半的鸣人返来了。但此时的“晓”也开端蠢蠢欲动，已经成为砂忍者村风影的我爱罗被“晓”成员迪达拉和蝎掳走。鸣人和卡卡西小组为了救出我爱罗而前去砂忍者村，并找出了“晓”的按照地，但我爱罗已经被抽离尾兽而灭亡。气愤的鸣人不顾统统地追逐迪达拉，而小樱和砂忍者村的千代婆婆联手与蝎交兵，终究将蝎打倒。千代婆婆捐躯本身的生命，利用转生忍术将我爱罗重生，鸣人他们回到木叶忍者村。
在忍者黉舍是万年吊车尾的鸣人，终究获得伊鲁卡教员的认同而顺利毕业，并和同期毕业的佐助、小樱分派到同一小组。指导上忍卡卡西为了培养鸣人他们的团队合作精力而在保存练习中设下各种磨练，终究鉴定他们合格，也使得鸣人他们学习到了团队合作的首要性。
大蛇丸找到纲手，但愿她能医治本身的双手，并提出能够让她再次见到她最正视的两人的前提。纲手为此踌躇不决，这时鸣人和自来也找到了她。纲手对继任火影一事心灰意冷，但她看到鸣报酬了成为火影的胡想而刻苦修行的模样，也逐步窜改了设法。以后纲手回绝了大蛇丸的要求，昔日的三忍展开狠恶的战役，鸣人也终究练成了自来也所传授的螺旋丸，打败了大蛇丸的侍从兜。最后大蛇丸被逼退，纲手跟从自来也和鸣人回到木叶，成为第五代火影。
在外修行了两年半的鸣人返来了。但此时的“晓”也开端蠢蠢欲动，已经成为砂忍者村风影的我爱罗被“晓”成员迪达拉和蝎掳走。鸣人和卡卡西小组为了救出我爱罗而前去砂忍者村，并找出了“晓”的按照地，但我爱罗已经被抽离尾兽而灭亡。气愤的鸣人不顾统统地追逐迪达拉，而小樱和砂忍者村的千代婆婆联手与蝎交兵，终究将蝎打倒。千代婆婆捐躯本身的生命，利用转生忍术将我爱罗重生，鸣人他们回到木叶忍者村。