在外修行了两年半的鸣人返来了。但此时的“晓”也开端蠢蠢欲动，已经成为砂忍者村风影的我爱罗被“晓”成员迪达拉和蝎掳走。鸣人和卡卡西小组为了救出我爱罗而前去砂忍者村，并找出了“晓”的按照地，但我爱罗已经被抽离尾兽而灭亡。气愤的鸣人不顾统统地追逐迪达拉，而小樱和砂忍者村的千代婆婆联手与蝎交兵，终究将蝎打倒。千代婆婆捐躯本身的生命，利用转生忍术将我爱罗重生，鸣人他们回到木叶忍者村。
大蛇丸找到纲手，但愿她能医治本身的双手，并提出能够让她再次见到她最正视的两人的前提。纲手为此踌躇不决，这时鸣人和自来也找到了她。纲手对继任火影一事心灰意冷，但她看到鸣报酬了成为火影的胡想而刻苦修行的模样，也逐步窜改了设法。以后纲手回绝了大蛇丸的要求，昔日的三忍展开狠恶的战役，鸣人也终究练成了自来也所传授的螺旋丸，打败了大蛇丸的侍从兜。最后大蛇丸被逼退，纲手跟从自来也和鸣人回到木叶，成为第五代火影。
此时佐助以为本身已经获得了超出大蛇丸的力量而俄然向大蛇丸发难，破解了他的转生忍术，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸本来的部下水月、香磷和重吾，四人构成名为“蛇”的小队，为了寻觅鼬而展开行动。在此期间，佐助与“晓”的迪达拉遭受并交兵，迪达拉败于佐助部下，为了证明本身的艺术而自爆，佐助却躲在了万蛇的体内而躲过一劫。迪达拉
卡卡西因为劳累过分而住院，暗部的大和代替卡卡西带领卡卡西小组，新的成员佐井也插手了步队。他们操纵从蝎那边获得的谍报，前去六合桥探听有关佐助的动静。但佐井实际上倒是奉下属团藏的号令履行暗害佐助的极秘任务，本筹算履行任务的他在看到鸣人与佐助的拘束以后窜改了设法。鸣人等人终究在大蛇丸的按照地与佐助相逢，但佐助仍然不筹算转意转意，还是挑选和大蛇丸一起分开。而佐井则因为这一任务的契机成为了鸣人他们的火伴。
此时佐助以为本身已经获得了超出大蛇丸的力量而俄然向大蛇丸发难，破解了他的转生忍术，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸本来的部下水月、香磷和重吾，四人构成名为“蛇”的小队，为了寻觅鼬而展开行动。在此期间，佐助与“晓”的迪达拉遭受并交兵，迪达拉败于佐助部下，为了证明本身的艺术而自爆，佐助却躲在了万蛇的体内而躲过一劫。迪达拉木叶忍者村俄然遭到九尾妖狐的攻击，第四代火影捐躯生命将妖狐封印到当时还是婴儿的鸣人身上。村人将鸣人当作妖狐的化身，对他冷眼相待，鸣报酬了获得大师的认同而不竭在村里搞恶作剧，以引发人们的重视。鸣人的目标是成为村庄里最巨大的忍者“火影”，让统统人认同他的存在。
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鸣报酬了学得比螺旋丸更强的术而展开修行，此时“晓”的成员飞段和角都为了捕获九尾而入侵木叶，与第十班的成员交兵，阿斯玛在这一战中中了飞段的咒术而捐躯。为了替阿斯玛报仇，鹿丸等人结成新的小队，与卡卡西一道向飞段和角都应战。鹿丸应用过人的聪明打败了劲敌飞段，而鸣人也终究学成了新术“风遁・螺旋手里剑”，来到疆场援助，一击打倒了角都，赢得胜利。
卡卡西小组收到任务，庇护造桥专家达兹纳回到波之国。但在任务途中，他们遭到雾忍者村的叛忍桃地再不斩的进犯，这也成为了他们的第一次实战。世人在战役中各自都有所生长，也体味到了忍者天下的残暴性。