鸣报酬了学得比螺旋丸更强的术而展开修行，此时“晓”的成员飞段和角都为了捕获九尾而入侵木叶，与第十班的成员交兵，阿斯玛在这一战中中了飞段的咒术而捐躯。为了替阿斯玛报仇，鹿丸等人结成新的小队，与卡卡西一道向飞段和角都应战。鹿丸应用过人的聪明打败了劲敌飞段，而鸣人也终究学成了新术“风遁・螺旋手里剑”，来到疆场援助，一击打倒了角都，赢得胜利。
此时佐助以为本身已经获得了超出大蛇丸的力量而俄然向大蛇丸发难，破解了他的转生忍术，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸本来的部下水月、香磷和重吾，四人构成名为“蛇”的小队，为了寻觅鼬而展开行动。在此期间，佐助与“晓”的迪达拉遭受并交兵，迪达拉败于佐助部下，为了证明本身的艺术而自爆，佐助却躲在了万蛇的体内而躲过一劫。迪达拉
在忍者黉舍是万年吊车尾的鸣人，终究获得伊鲁卡教员的认同而顺利毕业，并和同期毕业的佐助、小樱分派到同一小组。指导上忍卡卡西为了培养鸣人他们的团队合作精力而在保存练习中设下各种磨练，终究鉴定他们合格，也使得鸣人他们学习到了团队合作的首要性。
们遭到原属木叶忍者村、已经叛离村庄的大蛇丸的进犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以后，鸣人和佐助顺利通过预选赛，并为即将到来的正式测验作筹办。鸣人获得木叶三忍之一的自来也传授忍术，而佐助则是遭到卡卡西的专门指导。但与此同时，大蛇丸正在公开里酝酿着诡计，那就是结合砂忍者村一同攻击木叶。
木叶忍者村因为大蛇丸的诡计而遭到极大的毁伤，就在此时，已经叛离木叶的宇智波鼬俄然现身。鼬是佐助的哥哥，曾经将一族的人们全数杀光而分开村庄，此次他与雾忍者村的干柿鬼鲛一同来到木叶，仿佛是以鸣人体内的九尾作为目标，并且是遭到名为“晓”的构造的号令。佐助得知鼬回到村庄，向鼬建议应战，但却遭到惨败。而后，自来也为了寻觅新任火影的候补人选纲手，同时也为了帮忙鸣人修行，而和鸣人一起外出寻觅纲手的下落。
佐助因为鸣人气力的飞速生长而感到焦炙，这时大蛇丸的使者音忍四人众前来讲服他分开木叶前去音忍者村。佐助为了获得更强大的力量以向鼬复仇，而分开了村庄去找大蛇丸。鸣人、鹿丸等人结成五人小队前去追逐佐助，途中别离与音忍四人众以及随后赶到的君麻吕展开战役，期间获得了砂忍者村救兵的助力，好不轻易才将仇敌一一击败。鸣人追上了佐助，但佐助不筹算回到村庄，两人使出浑身解数展开苦战，最后鸣人还是功亏一篑，败在佐助部下而没能挽留佐助。以后鸣人回到村庄，筹算和自来也一同外出修行，以使本身变得更强。