近当代以来，林丹汗在蒙古的评价获得极大窜改，以为他是一个志在规复成吉思汗霸业、将一盘散沙的蒙古复归同一的豪杰之主，又果断不向后金投降，显现了蒙古民族的气势。如乌兰夫称他为“抵挡外族压迫的豪杰”。[34]蒙前群众共和国粹者则必定林丹汗“对满洲的侵犯打算曾经表示果断地反对”“诡计对于所属各部实施强有力的集权，并且建立起一个在他节制下的同一独立的蒙古”。[35]
林丹汗逃亡青海，避祸熬程中部众大量流失，1633年四月，两翼大总官塔什海、虎鲁克寨桑投降后金。六月，巴达西寨桑等5个头子率千余户投降。同时又贫乏粮食，乃至到了“杀人易食”的境地。[27]1633年，林丹汗五次攻掠明边，1634年，更是持续在3、4、蒲月出兵，闰八月乃至和洪承畴比武，都是为了获得粮食。他在青海时，与漠北外喀尔喀的绰克图台吉（却图汗）、西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿多吉缔盟，因为他们都不信奉黄教，以是被称为“反黄教联盟”。[28]林丹汗试图操纵这个联盟东山复兴。但是天不假年，就在1634年夏秋之际，林丹汗因天花死于青海大草滩，结束了叱咤风云的平生。
厥后，清朝统治者将察哈尔部安设于义州，分设摆布翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。康熙年间，林丹汗的孙子布尔尼举兵反清，旋即失利，后嗣断绝。
蒙古传统史乘对林丹汗评价很低，如《水晶鉴》称其“无道”、《蒙古源流》称他“心中生嗔，而化六国为乌有”，总之是一个横行无忌的暴君形象。他与绰克图台吉、藏巴汗、白利土司月顿多吉被蒙藏史乘贬为毁灭黄教的“四恶汗”。这明显是出于黄教史观得出的结论。林丹汗得到差评的另一个启事则是他在同一蒙古的过程中侵害了很多蒙古封建主的好处，导致众叛亲离，终究归于失利，话语权落在了作为胜利者的满人和蒙古封建主那边。当时，蒙古封建主纷繁向后金控告林丹汗的罪过，此中一个写道：“因这个罪过的察哈尔汗脾气暴躁，对世人风险极大，即便是宗族至死至穷毫不会归附他的原因就在这里。”[33]
清朝对林丹汗亦持否定评价。清人魏源称林丹汗“有宋康（宋王偃）、武乙之暴”。[32]
文明
林丹汗病故后，林丹汗的遗孀们及他的儿子额哲带领余部自青海大草滩返回河套地区，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，但愿他移帐漠北。[29]这时，皇太极于1635年仲春命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，第三次远征察哈尔。三月，多尔衮在西喇珠尔格处所碰到林丹汗的大福晋囊囊（娜木钟），得知额哲地点地。四月二旬日，后金兵度过黄河，四月二十八日，后金兵趁着大雾包抄了额哲营帐，并派苏泰之弟南楚劝降。因而苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣布灭亡，漠南蒙古也全数收归后金版图。皇太极得此传国玺，又被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻辰汗”，乃于翌年景立大清帝国。
1627年，林丹汗西迁，兼并右翼诸部（哈喇慎、土默特、鄂尔多斯、永谢布等），此中一个首要目标是获得明朝给右翼诸部的“市赏”。明朝不给林丹汗，林丹汗乃出兵进犯大同，明朝不得不规复对林丹汗的犒赏。后金操纵林丹汗西迁之机，兼并了察哈尔本部，并于1632年大肆打击林丹汗，林丹汗闻讯远遁青海。他与明朝的干系完整分裂，明朝乃至将林丹汗遗留的财物及部众移交给后金。厥后林丹汗与西藏藏巴汗、康区白利土司月顿多吉和喀尔喀绰克图台吉（却图汗）结成“反黄教联盟”，诡计东山复兴，但很快于1634年归天。