林丹汗在1612年与1615年攻打明朝，试图获得与明朝的贸易权，终究在1617年如愿以偿。1618年，后金侵明，林丹汗为了获得明朝的赏银，推行“联明抗金”的交际目标，并在1619年给□□哈赤写了一封言辞傲慢的国书，导致与后金反目。不过，林丹汗与明朝缔盟并未挡住后金对辽东的吞噬，1622年明朝在广宁之战得胜，林丹汗的救兵没起感化，而后二者间的联盟冷却下来。林丹汗也开端实施攘外必先安内（“先处里，后处外”）的政策，开端火并科尔沁、内喀尔喀诸部，并且制止与后金正面比武。以是林丹汗从未亲身与后金作战过。
1617年，西藏萨迦派僧侣沙尔呼图克图达到蒙古地区，寻觅本身的支撑者，林丹汗为沙尔呼图克图的神通所佩服，并封他为国师，并接管通俗密乘之灌顶，因而林丹汗由黄教改信红教（狭义上的红教仅指宁玛派，广义上包含了萨迦派和噶举派）。沙尔呼图克图为了获得林丹汗的信赖，从五台山取来元世祖时萨迦派八思巴喇嘛用令媛所铸的玛哈噶喇金佛（又称大黑天，为蒙元的护国神）。林丹汗在察汉浩特修建金顶白庙，将金佛供于此中。林丹汗试图效仿忽必烈与八思巴故事，操纵他与沙尔呼图克图之间的干系来建立本身的权威。但是适得其反，这减轻了信奉黄教的蒙古诸部的离心，减弱了林丹汗的号令力。
败亡青海
为政行动编辑
随后，林丹汗分开辽河套，踏上西迁之路。关于他西迁的启事，有以下几个：起首是因为他在右翼已众叛亲离，再加上后金兵锋正盛，被迫挑选西迁；其次是操纵右翼力量亏弱之机，兼并诸部，规复蒙古大汗的共主职位；第三是当时察哈尔部与明朝贸易的据点广宁已经沦陷，林丹汗想通过兼并右翼诸部以将明朝给右翼的丰富“市赏”据为己有。[18]1627年十月，林丹汗以察哈尔部八鄂托克之一的多罗特留守故地，率数万众西迁。[19]
明朝对林丹汗评价较低，称他“幼年嗜酒色”[21]、“沉湎酒色”[15]、“嗜利好色，驭下没法”。[31]另一方面又说他是“虏中名王，尤称桀骜”。[4]
清朝对林丹汗亦持否定评价。清人魏源称林丹汗“有宋康（宋王偃）、武乙之暴”。[32]
林丹汗西迁以来，固然获得一些军事胜利，但却获咎了大多数蒙古封建主，使他堕入孤家寡人的地步，离同一蒙古的胡想也越来越悠远。当时漠西和漠北本来就不臣服林丹汗，漠南诸部则在林丹汗的打击下纷繁东投后金。林丹汗虽获得富庶的右翼故地，但因为战役，“畜牧匮乏”[23]，各部流浪失所。加上“塞外霜早,颗粒无收兼厉疫流行”[24]，蒙古诸部几入绝境。而各部的抵当也大大减弱了察哈尔部本身的力量：“插（察哈尔部）之疲甚、饿甚、穷甚”[25]，其兵员严峻减耗，“插有马约备仅收四万，插众不满五万”。[25]
林丹汗病故后，林丹汗的遗孀们及他的儿子额哲带领余部自青海大草滩返回河套地区，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，但愿他移帐漠北。[29]这时，皇太极于1635年仲春命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，第三次远征察哈尔。三月，多尔衮在西喇珠尔格处所碰到林丹汗的大福晋囊囊（娜木钟），得知额哲地点地。四月二旬日，后金兵度过黄河，四月二十八日，后金兵趁着大雾包抄了额哲营帐，并派苏泰之弟南楚劝降。因而苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣布灭亡，漠南蒙古也全数收归后金版图。皇太极得此传国玺，又被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻辰汗”，乃于翌年景立大清帝国。