汗青评价编辑
厥后，清朝统治者将察哈尔部安设于义州，分设摆布翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。康熙年间，林丹汗的孙子布尔尼举兵反清，旋即失利，后嗣断绝。
近当代以来，林丹汗在蒙古的评价获得极大窜改，以为他是一个志在规复成吉思汗霸业、将一盘散沙的蒙古复归同一的豪杰之主，又果断不向后金投降，显现了蒙古民族的气势。如乌兰夫称他为“抵挡外族压迫的豪杰”。[34]蒙前群众共和国粹者则必定林丹汗“对满洲的侵犯打算曾经表示果断地反对”“诡计对于所属各部实施强有力的集权，并且建立起一个在他节制下的同一独立的蒙古”。[35]
政治
中国粹者戴鸿义以为“林丹汗对内实施同一漠南各部、重树宗主大汗的权威，对外实施联明抗金，以挽救危局，极力保护北元政权和蒙古民族的好处，是比较合适实际的。但是，林丹汗孤负了北元群众所寄于的希冀……林丹汗统辖的北元地区，以单一的游牧经济为根本，贫乏薄弱的气力，没有强大的物质力量做后盾，他更无坚固的大众根本，‘诸部各自称雄’‘傲然不睬’，在明与后金的打击面前，其统治地区内毫无任何的防备摆设，只能实施悲观的逃窜主义，‘君一怒而失国，众一怒而破城’，对内对外政策的弊端，树敌过量，必定使他的志向未成而‘报恨毕生’”。[37]
清朝对林丹汗亦持否定评价。清人魏源称林丹汗“有宋康（宋王偃）、武乙之暴”。[32]
林丹汗逃亡青海，避祸熬程中部众大量流失，1633年四月，两翼大总官塔什海、虎鲁克寨桑投降后金。六月，巴达西寨桑等5个头子率千余户投降。同时又贫乏粮食，乃至到了“杀人易食”的境地。[27]1633年，林丹汗五次攻掠明边，1634年，更是持续在3、4、蒲月出兵，闰八月乃至和洪承畴比武，都是为了获得粮食。他在青海时，与漠北外喀尔喀的绰克图台吉（却图汗）、西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿多吉缔盟，因为他们都不信奉黄教，以是被称为“反黄教联盟”。[28]林丹汗试图操纵这个联盟东山复兴。但是天不假年，就在1634年夏秋之际，林丹汗因天花死于青海大草滩，结束了叱咤风云的平生。
明朝对林丹汗评价较低，称他“幼年嗜酒色”[21]、“沉湎酒色”[15]、“嗜利好色，驭下没法”。[31]另一方面又说他是“虏中名王，尤称桀骜”。[4]
败亡青海
林丹汗西迁以来，固然获得一些军事胜利，但却获咎了大多数蒙古封建主，使他堕入孤家寡人的地步，离同一蒙古的胡想也越来越悠远。当时漠西和漠北本来就不臣服林丹汗，漠南诸部则在林丹汗的打击下纷繁东投后金。林丹汗虽获得富庶的右翼故地，但因为战役，“畜牧匮乏”[23]，各部流浪失所。加上“塞外霜早,颗粒无收兼厉疫流行”[24]，蒙古诸部几入绝境。而各部的抵当也大大减弱了察哈尔部本身的力量：“插（察哈尔部）之疲甚、饿甚、穷甚”[25]，其兵员严峻减耗，“插有马约备仅收四万，插众不满五万”。[25]