及崇焕以书闻，举朝大喜，立擢崇焕右佥都御史。
我大清知经略易与，六年正月举雄师西渡辽河，二十三日抵宁远。崇焕闻，即偕大将桂，副将左辅、朱梅，参将大寿，守备何可刚等集将士誓死守。崇焕更刺血为书，激以忠义，为之下拜，将士咸请效死。乃尽焚城外民居，携守具入城，清野以待。令同知程维楧诘奸，通判启倧具守卒食，辟道上行人。檄前屯守将赵率教、山海守将杨麒，将士逃至者悉斩。
至五年夏，承宗与崇焕计，遣将分据锦州、松山、杏山、右屯及大、小凌河，缮城郭居之。自是宁远且为本地，开疆复二百里。十月，承宗罢，高第来代，谓关外必不成守，令尽撤锦、右诸城守具，移其将士于关内。督屯通判金启倧上书崇焕曰：“锦、右、大凌三城皆前锋要地。倘出兵退，既安之民庶复播迁，已得之封疆再沦没，关表里堪几次退守耶！”崇焕亦力图不成，言：“兵法有进无退。三城已复，安可轻撤？锦、右摆荡，则宁、前震惊，关门亦失保障。今但择良将守之，必无他虑。”第意坚，且欲并撤宁、前二城。崇焕曰：“我宁前道也，官此当死此，我必不去。”第无以难，乃撤锦州、右屯、大、小凌河及松山、杏山、塔山守具，尽驱屯兵入关，委弃米粟十余万，而灭亡载途，哭声震野，民怨而军益不振。崇焕遂乞终制，不准。十仲春进按察使，视事仍旧。
未几，熹宗崩。庄烈帝即位，忠贤伏法，削诸冒功者。廷臣争请召崇焕。其年十一月擢右都御史，视兵部添注左侍郎事。崇祯元年四月，命以兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务，所司催促上道。七月，崇焕入都，先奏陈兵事，帝召见平台，慰劳乃至，咨以方略。对曰：“方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年，全辽可复。”帝曰：“复辽，朕不吝封侯赏。卿尽力解天下倒悬，卿子孙亦受其福。”崇焕顿首谢。帝退少憩，给事中许誉卿叩以五年之略。崇焕言：“圣心焦劳，聊以是相慰耳。”誉卿曰：“上贤明，安可漫对。异日按期责效，何如？”崇焕怃然自失。顷之，帝出，即奏言：“东事本不易竣。陛下既委臣，臣安敢辞难。但五年内，户部转军饷，工部给东西，吏部用人，兵部调兵选将，须中外事事呼应，方克有济。”帝为饬四部臣，如其言。
其冬，崇焕偕应坤、用、率教巡历锦州、大、小凌河，议大兴屯田，渐复第所弃旧土。忠贤与应坤等并因是廕锦衣，崇焕进所廕为批示佥事。崇焕遂言：“辽左之坏，虽民气不固，亦缘失无形之险，无以固民气。兵倒霉野战，只要凭坚城、用大炮一策。今山海四城既新，当更修松山诸城，班军四万人，缺一不成。”帝报从之。
雄师亦旋引去，益兵攻锦州。以溽暑不能克，士卒多毁伤，六月五日亦引还，因毁大、小凌河二城。时称宁、锦大捷。
崇焕既得救，志渐骄，与桂不协，请移之他镇，乃召桂还。崇焕以之臣奏留桂，又与不协。中朝虑偾事，命之臣专督关内，以关外属崇焕画关守。
时率教驻锦州，护版筑，朝命尤世禄来代，又以辅为前锋总兵官，驻大凌河。
先是，八月中，我□□高天子晏驾，崇焕遣使吊，且以觇真假。我太宗文天子遣使报之，崇焕欲媾和，以书附使者还报。我大清兵将讨朝鲜，欲是以阻其兵，得一意南下。七年正月，再遣使答之，遂大发兵渡鸭绿江南讨。朝议以崇焕、之臣不相能，召之臣还，罢经略不设，以关表里尽属崇焕，与镇守中官应坤、用并便宜处置。崇焕克意规复，乃乘雄师之出，遣将缮锦州、中左、大凌三城，而再使使持书媾和。会朝鲜及毛文龙同垂危，朝命崇焕出兵援，崇焕以海军援文龙，又遣左辅、赵率教、朱梅等九将将精卒九千前后逼三岔河，为管束之势。