固然朝鲜向后金朝贡，后金也赐与朝鲜犒赏品，但两国的干系仍然严峻。执掌朝鲜朝政的仍然是反后金亲明的西人党。在儒家思惟的影响下，很多朝鲜大臣以为明朝助朝鲜击退日军，朝鲜该当与明朝交好抗击后金。是以朝鲜回绝拔除明朝年号，并还是保持与明朝的干系。这为厥后1636年后金（清）的再次入侵（丙子胡乱）埋下了伏笔。[8]
影响编辑
该年四月，皇太极在沈阳正式停止称帝大典，朝鲜使臣罗德宪、李廓拒不下拜。皇太极非常愤恚，以为这是朝鲜国王成心成仇，决定举兵再征朝鲜。该年十仲春二日，皇太极亲身统帅十万雄师亲征朝鲜。清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南，仅仅十二天便到达王都城下。京畿以内“高低惶惑，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”。仁祖再次将王妃、王子和大臣老婆送往江华岛出亡，本身则带领文武百官退守南汉山城等候各路勤王军的到来，同时派出崔鸣吉等人赴清营构和，迟延时候。朝鲜请和书中写道“朝鲜国王谨上言于大清宽温仁圣天子：小邦获戾大国，自速兵祸，居住孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图改过，则小邦之洗心处置，自今始矣。必欲穷兵，小邦理穷势极，以死自期罢了”如此。皇太极见朝鲜君臣乞降之切，毫无斗志，乃对其迫降，命令清军包抄南汉山城，砍木列栅，绕城驻守，山城内粮草断绝，不得不杀马充饥。各路勤王军队也被清军击败，朝鲜君臣只要坐困孤城。仁祖曾经爬到南汉山城的南门，看到城下清军黑压压一片，不由长叹。清军在望月峰上升白旗书招降二字，又致书仁祖，令其出城投降。仁祖则答信“重围未解，帝怒方盛”，以是不能出城请降，“前人有城上拜天子者，盖以礼有不成废，而兵威亦可骇也……”。见朝鲜方面还在胶葛于出城投降的细节，不耐烦的皇太极命令用火炮攻城，同时清军又攻占了江华岛，俘虏王妃、王子、宗室76人，动静传来，见局势已去，仁祖只好乞降。
后金主帅阿敏在突袭铁山失利，强攻云从不下的环境下，迁怒朝鲜，又想“东边丧失西边补”，在朝鲜捞一票，乃至筹算在朝鲜称王，不但没有胜利，反而将朝鲜推向明朝方面。战役前期，跟着气候转暖，马队为主的后金军非常被动，乃至有能够被困死于鸭绿江以南，阿敏却一再回绝撤兵，终究令后金军在瓶山决斗中接受严峻丧失。
学者徐东日以为，丁卯战役使得朝鲜接受庞大屈辱和磨难。在此之前，朝鲜人一向自视为文明之邦，将女真人视为蛮夷；丁卯战役今后，朝鲜人对女真人的态度由鄙弃转为仇视。
随后，后金铁骑乘夏季冰坚，打击与铁山仅三里之隔的云从岛。毛文龙率部英勇反击，派部将毛有见、尤景和等逆袭后金军。两边在冰面上展开狠恶战役。东江健儿面对兵器、设备和人数都占上风的后金军，毫无惧色，浴血奋战，两边互有杀伤，后金军强攻多日，始终不能进步一步。后金主帅阿敏见军队伤亡太大，占不到半点便宜，遂迁怒于朝鲜人，转而打击朝鲜义州和安州，攻破城池，大开杀戒。到手后，又率雄师移向朝鲜都城王京，筹办灭掉朝鲜称王，朝鲜国王李倧一面仓促出逃，一面遣使向明朝和毛文龙请罪，说导敌不是本身的主张，而是臣子所为，要求援救。
“丁卯之役”之始，后金判定明军主帅毛文龙极有能够在铁山，遂于朝鲜方面勾搭，冒充朝鲜人突袭铁山，若胜利便能成为一次超卓的“斩首行动”，表现了其首级皇太极一惯大胆、判定的风格。但是，因为非常偶尔的启事，毛文龙不在铁山，后金突袭失利，使得战事情成耐久战，一拖再拖，终究让明军反败为胜。