除此以外，林丹汗还操纵“图们*”束缚诸部（即《图们汗法典》）。任命永谢布部的却热斯塔布囊为大汗的代表，办理右翼三万户蒙古诸部，任命内喀尔喀炒花（乌济叶特）部的锡尔呼纳克洪台吉帮助大汗办理右翼蒙古诸部，1617年在巴林境内的阿巴嘎哈喇山建察汉浩特（今内蒙古赤峰市阿鲁科尔沁旗）作为政治中间，令诸部首级到此朝觐、进贡与议事。
政治
皇太极看准这个机遇，决定策动对林丹汗的决斗，完整征服漠南蒙古。1631年四月，皇太极就已经筹办讨伐林丹汗，在科尔沁部的劝说下推迟。1632年三月，皇太极第二次远征察哈尔林丹汗，传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。四月，科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的台吉会于西拉木伦河岸，总兵力约10万。此时，镶黄旗两个蒙前人偷马逃出，将雄师压境的动静陈述给林丹汗。当时林丹汗驻帐于宣府边外，传闻后非常震惊，因而率众西奔。皇太极分兵三路穷追林丹汗41天，蒲月下旬进驻归化城，得知林丹汗已渡黄河而去。遂停止追击，经宣府、张家口返回。途中收拢了林丹汗所遗部众数万人。[26]
1627年，林丹汗西迁，兼并右翼诸部（哈喇慎、土默特、鄂尔多斯、永谢布等），此中一个首要目标是获得明朝给右翼诸部的“市赏”。明朝不给林丹汗，林丹汗乃出兵进犯大同，明朝不得不规复对林丹汗的犒赏。后金操纵林丹汗西迁之机，兼并了察哈尔本部，并于1632年大肆打击林丹汗，林丹汗闻讯远遁青海。他与明朝的干系完整分裂，明朝乃至将林丹汗遗留的财物及部众移交给后金。厥后林丹汗与西藏藏巴汗、康区白利土司月顿多吉和喀尔喀绰克图台吉（却图汗）结成“反黄教联盟”，诡计东山复兴，但很快于1634年归天。
林丹汗病故后，林丹汗的遗孀们及他的儿子额哲带领余部自青海大草滩返回河套地区，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，但愿他移帐漠北。[29]这时，皇太极于1635年仲春命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，第三次远征察哈尔。三月，多尔衮在西喇珠尔格处所碰到林丹汗的大福晋囊囊（娜木钟），得知额哲地点地。四月二旬日，后金兵度过黄河，四月二十八日，后金兵趁着大雾包抄了额哲营帐，并派苏泰之弟南楚劝降。因而苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣布灭亡，漠南蒙古也全数收归后金版图。皇太极得此传国玺，又被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻辰汗”，乃于翌年景立大清帝国。
此时，林丹汗与明朝的干系也在恶化中，他西迁的一个首要目标就是获得右翼所具有的“市赏”，但明崇祯帝即位，“尽革其赏”，林丹汗派去索赏的大臣贵英恰也被明军所杀。因此林丹汗于1628年六月大肆入侵大同，杀死明朝军民数万人，差点攻占大同城。[21]明朝本欲以右翼诸部抵抗林丹汗，但到1628年底时右翼地区被林丹汗安定，明朝不得不于次年规复“市赏”。固然如此，林丹汗仍于1631年和1632年侵犯明边。1631年十一月，林丹汗东征西拉木伦河，侵袭已降金的阿鲁科尔沁达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众。皇太极亲率2000名精锐马队赶来，林丹汗早已撤走。别的，他还杀了漠北外喀尔喀诸部派到右翼的使者，引发漠北诸部的发急。[22]