除此以外，林丹汗还操纵“图们*”束缚诸部（即《图们汗法典》）。任命永谢布部的却热斯塔布囊为大汗的代表，办理右翼三万户蒙古诸部，任命内喀尔喀炒花（乌济叶特）部的锡尔呼纳克洪台吉帮助大汗办理右翼蒙古诸部，1617年在巴林境内的阿巴嘎哈喇山建察汉浩特（今内蒙古赤峰市阿鲁科尔沁旗）作为政治中间，令诸部首级到此朝觐、进贡与议事。
林丹汗西迁以来，固然获得一些军事胜利，但却获咎了大多数蒙古封建主，使他堕入孤家寡人的地步，离同一蒙古的胡想也越来越悠远。当时漠西和漠北本来就不臣服林丹汗，漠南诸部则在林丹汗的打击下纷繁东投后金。林丹汗虽获得富庶的右翼故地，但因为战役，“畜牧匮乏”[23]，各部流浪失所。加上“塞外霜早,颗粒无收兼厉疫流行”[24]，蒙古诸部几入绝境。而各部的抵当也大大减弱了察哈尔部本身的力量：“插（察哈尔部）之疲甚、饿甚、穷甚”[25]，其兵员严峻减耗，“插有马约备仅收四万，插众不满五万”。[25]
败亡青海
在科尔沁部已投入后金阵营、内喀尔喀五部毁灭的环境下，皇太极开端向林丹汗的察哈尔部渗入。察哈尔部的八个鄂托克中，奈曼和敖汉夹在林丹汗和皇太极权势之间，他们为减缓二者间的对峙干系，甘心充当补救者角色，因而在1627年初派绰尔济喇嘛去沈阳与皇太极媾和。皇太极不但表示两鄂托克归顺后金，还要求直接与林丹汗通使。林丹汗晓得了本身的两个鄂托克通款后金的究竟后，不但没有了解他们的良苦用心，反而讨伐奈曼、敖汉，奈曼、敖汉不堪林丹汗的压力，于1627年六月叛变林丹汗，归附后金，并与皇太极订立盟誓。[17]
随后，林丹汗分开辽河套，踏上西迁之路。关于他西迁的启事，有以下几个：起首是因为他在右翼已众叛亲离，再加上后金兵锋正盛，被迫挑选西迁；其次是操纵右翼力量亏弱之机，兼并诸部，规复蒙古大汗的共主职位；第三是当时察哈尔部与明朝贸易的据点广宁已经沦陷，林丹汗想通过兼并右翼诸部以将明朝给右翼的丰富“市赏”据为己有。[18]1627年十月，林丹汗以察哈尔部八鄂托克之一的多罗特留守故地，率数万众西迁。[19]
林丹汗逃亡青海，避祸熬程中部众大量流失，1633年四月，两翼大总官塔什海、虎鲁克寨桑投降后金。六月，巴达西寨桑等5个头子率千余户投降。同时又贫乏粮食，乃至到了“杀人易食”的境地。[27]1633年，林丹汗五次攻掠明边，1634年，更是持续在3、4、蒲月出兵，闰八月乃至和洪承畴比武，都是为了获得粮食。他在青海时，与漠北外喀尔喀的绰克图台吉（却图汗）、西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿多吉缔盟，因为他们都不信奉黄教，以是被称为“反黄教联盟”。[28]林丹汗试图操纵这个联盟东山复兴。但是天不假年，就在1634年夏秋之际，林丹汗因天花死于青海大草滩，结束了叱咤风云的平生。
林丹汗在1612年与1615年攻打明朝，试图获得与明朝的贸易权，终究在1617年如愿以偿。1618年，后金侵明，林丹汗为了获得明朝的赏银，推行“联明抗金”的交际目标，并在1619年给□□哈赤写了一封言辞傲慢的国书，导致与后金反目。不过，林丹汗与明朝缔盟并未挡住后金对辽东的吞噬，1622年明朝在广宁之战得胜，林丹汗的救兵没起感化，而后二者间的联盟冷却下来。林丹汗也开端实施攘外必先安内（“先处里，后处外”）的政策，开端火并科尔沁、内喀尔喀诸部，并且制止与后金正面比武。以是林丹汗从未亲身与后金作战过。